虽然深港两地机场有巨大的合作潜力，但深圳综合开发研究院物流与供应链管理研究所所长王国文表示，因为香港收购深圳机场股权被拒等四大难题，阻碍了两地机场合作步伐。
一直以来，关于香港机场收购或交换深圳机场股权的绯闻未断过，但双方未能达成具体意向。消息指，港方期望成为深圳控股股东的合作模式，不被深圳机场接受，成为合作的主要障碍之一。同时，连接香港与深圳机场的机场联络快线疑因成本问题一直不见“声响”。因该条铁路两次穿越海底，成本高于广深港高铁香港段，引起争议。
另受航权所限，香港本地的航空公司暂不能直接在深圳机场经营来往于深圳和其他内地城市的航线。在这方面，需要中央推进航空领域CEPA的签订，搭建香港同内地在航空业上的合作框架协定。
此外，港深机场合作还面临空域管理问题。港深机场合作要跨越空域统一管理的障碍，但空域管理比较敏感，加上内地空管机构在度量衡上使用公制单位，而香港空管机构使用英制单位，这一技术问题一直未有解决。
对此，王国文建议，港深机场合作，需从跨境基础设施、制度配合两方面突破。目前，深圳开工的11号地铁线，已在前海预留至香港支线的条件，建议加快推进机场联络线，并採取白天客运、晚上货运的运营方式，承担联通深港机场货运的功能。
另在制度安排上，深圳机场需要加速创新。他说，深圳机场在保税配套、通关效率等方面与香港尚存在差距，有待改革提升航空货运时效。另在跨境货运上，深港应在现有的绿色货运体系上，再推进通关加速改革。
