自2016年1月1日起，新疆开始执行水资源费征收新标准，与旧的水资源费执行标准相比，本次水资源费标准调整扩大了征收范围，完善了标准体系，普遍提高了各行业的水资源费标准，此次调整范围主要分为城市(镇)公共自来水、非农业用水、农业灌溉、石油天然气开采取用水以及农村生活、养殖、公共事业取用水五类。其中农业用水按照区域和水源类别不同，30年承包土地农业用水标准为0.007-0.05元/立方米；非30年承包土地农业用水标准为0.16-0.4元/立方米。
新疆作为严重缺水地区，农业用水费用的调整将对棉农植棉活动产生一定影响。南疆某棉农表示，今年水费较去年有明显提高，2015年植棉需水费在110元/亩，而按照今年新的标准计算，植棉所需水费在220元/亩左右。另外从农资采购情况看，今年除了水费大幅上涨外，其它均与往年持平，在今年新疆棉花目标价格下调的同时，水费上涨意味着植棉收益将继续下降。
新疆某棉花专业人士表示，新疆水资源匮乏，这次新标准的实施有利于水资源可持续利用，限制非法开荒种地，保护新疆生态环境。从具体规定上看，非30年承包土地农业用水标准远高于30年承包土地农业用水标准，这表明新疆当地村、镇集体土地基本农田用水费用较低，对棉农影响不大，但对承包土地的植棉者来说会产生很大影响，同时对新疆调减植棉面积、调整种植结构有一定帮助。
