2012年2月22日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，研究部署“十二五”期间深化医药卫生体制改革工作。
会议明确提出了“十二五”期间医改的三个重点突破，包括加快健全全民医保体系，巩固完善基本药物制度和基层医疗卫生机构新机制以及积极推进公立医院改革。特别是明确了2015年要实现县级公立医院阶段性改革目标，全面推开城市公立医院改革。
在2009-2011三年医改推进过程中，公立医院改革是五项重点改革任务之一，改革的主要内容是“四个分开”:政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开。但相对其它几项改革任务，公立医院的改革迟迟没有打开局面。
从2011年起，县医院改革开始成为公立医院改革的重点突破口，而且这一改革思路也在“十二五”的公立医院改革过程中继续延伸。
卫生部在2012年的工作会议上已经确定，2012年将在300个试点县实行取消“以药补医”，并力争到2013年在县级医院普遍推行。
不久前，在陕西召开的全面启动县级公立医院综合改革大会上，国务院医改办主任孙志刚透露，卫生部和国务院医改办共同牵头制定了《县级公立医院综合改革试点方案》也将于近期下发。
孙志刚在会上还提到，总结以往县医院的改革经验，未来将在十个方面继续坚持继续探索，包括坚持公立医院的公益性，深化人事制度、分配制度改革，建立新的采购机制，推进支付方式改革，积极鼓励社会办医等。
值得注意的是，此次国务院常务会议上，关于公立医院改革不仅提及县医院，此外还特别提到全面推开城市公立医院改革。
城市公立医院集中了大部分医疗资源，也是看病难看病贵突出表现的地方。城市公立医院改革的滞后导致优秀医疗人才难以自由流动，也造成基层医疗机构人才匮乏的问题得不到解决。因此，城市公立医院对整个公立医院的改革至关重要。
在三年医改接近尾声之际，有越来越多的声音呼吁公立医院改革需要顶层设计。
此次国务院常务会议上提出了未来公立医院改革的重点内容，包括深化补偿机制改革，破除“以药养医”机制，推进医药分开、管办分开。建立现代医院管理制度，规范诊疗行为，调动医务人员积极性。
国务院常务会议还再一次提出，要求放宽社会资本举办医疗机构的准入，扩大和丰富全社会医疗资源。鼓励有实力的企业、慈善机构、基金会、商业保险机构等社会力量以及境外投资者举办医疗机构，鼓励具有资质的人员依法开办私人诊所。进一步落实政策，改善执业环境，对各类社会资本举办非营利性医疗机构给予优先支持。
除公立医院改革外，国务院常务会议还提出，提高基本医疗保障水平，到2015年，城镇居民医保和新农合政府补助标准提高到每人每年360元以上，三项基本医保政策范围内住院费用支付比例均达到75%左右。
继续推进基本公共卫生服务均等化，逐步提高人均基本公共卫生服务经费标准，2015年达到40元以上。加快人才培养和信息化建设，推进药品生产流通领域改革，积极发展医疗服务业。
