日本航线是太仓港精耕细作的一条近洋精品航线。今年以来，太仓港集装箱海运公司每月对日出口标箱达到1万只，出口装载率100%，5月份的吞吐量达到2.4万标箱。由于出口集装箱出现爆仓，公司已将一艘装载量400标箱的班轮升级为600标箱，并计划在年内完成全部四艘班轮的升级。目前，太仓港日本航线已经实现平均每天一班船，目的地覆盖日本主要基本港口。早在2009年，重庆海运公司就在太仓港开出了第一条对日航线，但由于市场经验不足，2010年又受到金融危机影响，面临着撤线的窘迫局面。2011年7月，太仓港港口管委会投资5亿元成立了太仓港集装箱海运公司，并分别在苏州工业园区、高新区和昆山设立了三个服务中心。为企业提供最优的物流模式，终于获得了客户越来越多的认可。海运公司成立当年便将日本航线从一周双班拓展到一周四班，实现日本五个基本港“联贯”。太仓港集装箱海运公司和上海下关轮渡公司是太仓港经营日本航线的两大市场主体。目前，两家公司每周共有7班船抵达日本基港，另有一班船抵达北九州偏港，东京、横滨、名古屋、大阪、神户等日本主要港口实现全覆盖。2012年，海运公司共完成202个航次，完成集装箱吞吐量15.1万标箱。今年前5月已完成97个航次，10万标箱，货物吞吐量同比提高61%，今年全年有望完成20万标箱。目前在太仓港走货的有松下、佳能、久保田、牧田、UPM、怡球、阿特斯等大大小小的日资企业40余家。日本航线货源以服务苏南经济腹地为主，并辐射整个江浙沪。
太仓港开出的日本航线准班率始终保持在90%以上，为不断凸显成本低、服务好、通关快的物流优势，两大船公司纷纷开拓市场、提升服务质量。海运公司推出了“24小时大客户呼叫跟踪”，对大客户实行全流程服务，报关、报检、拖车、场内物流予以全面协调。公司还主动接洽，到日本松下总部参与招投标，今年，松下集团将其华东地区业务的60%箱量从太仓港走货，总计约有8500标箱的规模。针对苏南日资企业中有不少对货运时效性要求较高的情况，上海下关渡轮公司推出了“中日门到门、3-4天到货”这一介于空运和船运之间的快运模式，主要货物为半导体等电子产品，汽车零部件以及一些注重新鲜度的农产品、海产品。
据了解，太仓港将计划在中日之间尝试国际海陆联运项目，即通过甩挂运输的方式，将挂车直接装入滚装船，到达目的港后，再由牵引车运至目的地。
