厦门航运交易所伴随东南国际航运中心建设而生，发展定位是构建海峡两岸航运市场最权威的信息发布机构，打造北到温州、南到汕头航运发展要素最为聚集的航运交易机构。它具有船舶买卖租赁、港口货物交易、航运人才交流、航运交易中介服务、航运交易信息披露五大功能，2012年挂牌成立。
在交通运输部水运局的大力支持和协调下，厦门航运交易所将与上海航运交易所联手，共同合作，提升航运服务水平。主要合作内容涉及开展厦门口岸航运市场规范协调和海峡航运指数的编制发布等工作。其中，台湾海峡两岸间直航集装箱班轮运价指数是一大亮点，有望今年落地。
受全球航运严峻形势的冲击，前年第四季度至去年第一季度，两岸集装箱运输出现了“零运价”、“负运价”现象，损害了两岸直航班轮公司和货主的权益。厦门作为大陆最主要的对台口岸，在两岸三通的航运业务方面具备诸多优势。如果能在运价指数方面具备权威发布能力，将促进东南国际航运中心的航运服务水平提升，催生高端航运元素，奠定厦门港在此类业务中的“首席”地位，增强“话语权”。
