2013年3月1日起备案人对公平竞争造成损害的将受到行政处罚
交通运输部12月25日发布“关于台湾海峡两岸间集装箱班轮运价备案实施的公告”，将自2013年3月1日起更加有效监控台湾海峡两岸航线。交通运输部指定上海航运交易所为运价备案受理机构。
不得以回扣承揽货物运输
交通运输部在这份公告中称，两岸集装箱班轮运价属于市场调节价，由集装箱班轮经营者自主制定。但是，班轮经营者应遵循依法经营、诚实守信的原则，提高运输服务质量和效率，降低经营成本，根据运输经营成本和航运市场供求状况，以正常、合理的运价提供运输服务。交通运输部明确，运价包括海运费和附加费(含码头操作费)，班轮经营者不得在会计账簿之外暗中给予托运人回扣以承揽货物。
为了规范该航线经营，交通运输部决定实施集装箱班轮运价备案制度，凡是取得两岸直航集装箱班轮运输经营资格的经营者，均为运价备案义务人，应报备大陆直航港口出口的集装箱货物(含承运第三方的中转货)海运运价。运价包括公布运价和协议运价。备案的运价应正常、合理。备案的公布运价自受理之日起满30日生效。实际执行的运价与公布运价不一致的，按照协议运价的方式报备，协议运价生效时间为受理备案之时起满168个小时(7天)。
该制度定于2013年3月1日起生效。交通运输部指定上海航运交易所为运价备案受理机构，上海航运交易所将根据本办法制定运价备案操作指南，并提供相应的技术服务。
交通运输部认为，由上海航运交易所和厦门航运交易所共同编制并发布的两岸集装箱运价指数，将总体反映运价水平的变化。交通运输部同时要求上海航运交易所及其工作人员，不得泄露涉及商业秘密的运价备案信息。
出租、互换舱位也要报备
交通运输部曾于2012年10月11日发布“关于海峡两岸海上直航发展政策措施的公告”，批评了“零运价”、“负运价”等恶性杀价竞争行为，准备进一步加大对未经批准擅自从事两岸运输、为不具备两岸运输资质的船舶提供船舶代理或港口装卸服务等违法行为的打击力度。
“任何企业、组织和个人未经批准不得以租赁舱位等任何方式经营两岸集装箱班轮运输。对于非法从事两岸集装箱运输的，一经发现，要依法查处。”交通运输部当时主要采取行政性措施，要求两岸班轮运输经营者，向交通运输部报备出租、互换舱位情况；舱位发生变更的，需自变更之日起15日内向交通运输部报备变更情况。
交通运输部曾于2012年10月发函上海市交通运输和港口管理局、福建省交通运输厅、上海组合港管委会办公室、厦门港口管理局、上海厦门航运交易所、上海国际航运研究中心促进会及各有关两岸间集装箱班轮公司，就“海峡两岸间集装箱班轮运价备案”征求意见。备案运价包括海运费和各种正常、合理收取的附加费，现阶段附加费含EBS(紧急燃油附加费)和THC(码头操作费)；运价减去正常、合理的附加费(含THC)如为零或负值，即海运费为零或负值，则可认定为零运价、负运价。
按照交通运输部的方案，备案义务人对公平竞争造成损害的，将受到行政处罚，例如，班轮经营者备案的运价超出正常、合理的范围，严重偏离同一航线同类规模班轮经营者的平均运价水平；未按规定履行运价备案手续或未执行备案运价的都将受到处罚。
