为此，行业主管部门正在着手把地理位置邻近的码头整合为一个大港，或促进相邻港口彼此之间的联系和合作。目前已经出现了一些码头整合的实际行动，特别是在大都会区彼此相邻的码头间。如位于东京湾的东京、川崎和横滨；位于大阪湾的大阪和神户。这些港口彼此相邻，但它们在服务一个共同的腹地方面彼此间又极具竞争性。如果这些码头可以协同工作，但不一定合并，那么他们就可以更具竞争力，并能为他们的国际客户提供更加灵活和综合的物流服务。

　　2007年12月，神户、大阪、尼崎-西宫-芦屋整合为新的阪神超级港。阪神超级港的三处码头设施对进港船舶现在只收一个单一港务费，而从前船公司要为每一个码头分别付港务费。据政府消息人士透露，这一措施将为码头用户减少整体港务费负担的10%。

　　2007年7月，日本政府推出“海洋政策基本方略”。作为这一海洋政策的一部分，政府正在实施一项计划，日本的航运公司将免缴他们目前必须缴纳的吨位税。政府表示，这将鼓励日本外贸承运人将国内注册的船舶数量增加一倍，同时又能增加约50%的日本籍海员。

　　这一计划进一步建立了政府的削减成本战略。例如，去年4月，日本的港口费用减少了5 ％。这一计划的另一个重要层面是它要求发展更长和更深的码头以配合船舶大型化趋势。如目前东京港最深的码头可靠泊吃水15米的船舶。因此，在一定的潮位下，它可以靠泊满载6000TEU以上型船舶。此外，港务局正在规划建设3个水深为－16米的泊位，从而使他们能够不间断地装卸满载8000TEU以上的超级超巴拿马型船舶。

　　近年来，一些全球性物流企业迅速将东亚领先港口及其周边地块发展成为区域物流基地，日本正在努力吸引全球物流公司进入其领先的港口。日本港口的关键优势是港口普遍具有先进的基础设施、巨大的国内腹地市场以及靠近亚洲新兴市场。

　　领头羊东京港在行动

　　东京港在2007年全年处理了372万TEU，仅比上年增长0.6 ％。在全球集装箱吞吐量水平整体上升的背景下，东京港的全球排名已从1999年的第15位下滑至2007年的第27位。随着中国经济的增长，东京港的状况每况愈下。因为空间和土地的限制，东京港和中国港口竞争是很困难的。但是行业主管部门决心保持东京港在全球顶级集装箱港口排行榜中现有的位置。其“最低纲领”是使干线船舶停靠东京港，比如说主管部门不希望看到货物在新加坡港卸下，然后用支线船运到东京港。

　　在2006年，有23条主干贸易航线的船舶停靠东京港，而78条主干航线则绕过了日本。而到2007年20条主干航线的船舶停靠东京港，98条却没有停靠。因此，令主管部门担心的是东京作为主要港口地位正在下降。

　　为了鼓励国际干线船舶停靠港口，提高其国际竞争力，东京港口当局在1999年就推出了“新行动计划”，2007年10月又对该计划进行了修订。这个计划制定了到2015年港口货物吞吐量达到460万TEU的目标，年均增长2.7%。据了解，这个数字现在可能会修改。该计划是基于引进的成本削减措施制定的，如简化和缩短货物周转时间和更有效地利用该港口的货物装卸设施。进口清关手续已从1998年的3.6天减少到2007年的更具竞争力的2.1天，“行动计划”的一些成效已经凸显。这些成效主要归因于海关和动植物检验检疫机关实行365天工作，以及港口的公共码头周日开放等这些措施。为取得进一步进展，东京港的两个主要集装箱码头正在扩建泊位和加深岸边水深。

　　随着日本贸易进口超过出口，空集装箱都必须运出日本，这将不利于托运人。因此，为努力增加出口，东京港已联络东京的机械制造商，以鼓励他们尽量使用东京港出口其产品。东京港留住其海运承运人顾客的工作，目的是希望能维持港口的现状，以免进一步下降在国际集装箱港口行业中的地位，甚至有朝一日沦为支线港。