但收购带来的阵痛也不可避免。在以23亿欧元的巨额代价收购铁行渣华之后，马士基航运在管理上的许多薄弱之处暴露出来，由于管理及企业文化融合等问题，出现服务下降、运营能力变差的情况。马士基航运在随后的2006年出现了近6亿美元的巨额赤字，客户群中的不满情绪也在不断扩张，市场份额不断下降，后勤和IT部门的问题在2006年年初公之于众。
接踵而来的全球金融危机让人猝不及防，马士基航运意欲借助规模优势和低价竞争战略提升不断下降的市场份额。施索仁表示，马士基航运希望能够维持15%的全球市场份额。马士基航运不会容忍任何公司通过打价格战来夺取自己的市场份额，一旦价格战事实存在，“马士基航运将选择为市场份额而竞争。”
尽管低价竞争战略可以在短期内提升市场份额，但是繁琐的业务流程，居高不下的运营成本才是马士基航运竞争力不断下降的关键所在。
安仕年壮士断腕般的变革核心是以客户为中心，重整航运业务架构。经过四年的变革，马士基航运意识到要远离低级的恶性竞争，真正成为行业领先者，必须要创新，要完全掌握行业的“游戏规则”。
2011年10月，马士基航运在亚欧航线上推出“天天马士基”服务，使用70艘集装箱船在亚洲四个港口（中国的宁波、上海、盐田和马来西亚的丹戎帕拉帕斯）与欧洲的三个港口（英国的费利克斯托、荷兰的鹿特丹和德国的不莱梅）之间提供每日航线服务，并保证客户每天准时接收货物，延期交付给客户以赔偿，这给集装箱班轮运输市场带来了史无前例的密集服务和可靠性。
马士基航运前任首席执行官柯林（EivindKolding）认为，“天天马士基”服务的推出正是为了应对航运业面临的三大挑战：不可靠性、复杂性以及环保影响。
亚欧航线上其他班轮公司为了应对“天天马士基”服务迅速形成了四大联盟，从中也可窥见从不结盟的行业老大的底气。柯林认为，“业界其他班轮公司不可能成功打造与此相同的网络，竞争对手需要专注于其他航线或在价格上有所区别。”可以说，“天天马士基”服务已经改变了行业内游戏规则，马士基航运的服务水平显著提高，为其运费上涨增加了合理性，并展示出航运业自我改造的能力。
在2011年2月和6月宣布订造20艘全球规模最大、最高效的1.8万TEU型船之后，马士基航运更是将行业的竞争水准提高了到了他人难以企及的地步。随后，班轮公司的万箱订单不断涌现，而无力订购万箱船的中小型班轮公司则基本告别这场“万箱船赌局”。
毫无疑问，马士基集团是一家谨慎的欧洲公司，但同时其骨子里的创新与冒险精神使其能够在市场中占据领先地位，即使是在新兴市场。
1977年至1984年，担任马士基航运香港分公司经理的皮尔•约恩森（PerJorgensen，姚恩盛）每隔一个月须去一次中国内地。当时作为一个外国商人，必须受到以下两者之一的邀请：中国国有的中远集团或者当时的中国外经贸部。许多竞争对手选择中远集团作为赞助商，但是A.P.穆勒集团选择中国外经贸部，多年来与之建立了非常密切的关系。“毫无疑问，当时我们的选择为今天在中国的地位打下了基础。”姚恩盛解释了选择中国外经贸部作为合作伙伴的决定是基于这样的事实：可以避免直接的竞争，同时可以获得更好的待遇。1984年，A.P.穆勒集团在广州设立了在中国的第一个办事处。
在马士基集团成功进入中国市场的过程中，完整而又独特的网络和个人关系的构建起着决定性的作用。凭借这一市场的规模和经济增长率，成了丹麦航商走向未来成功的转折点。多年以来，马士基集团以船舶订造、码头投资、集装箱生产工厂等形式在中国进行了大量投资，逐渐取得力压群雄的市场地位。
思变多元化布局
在全球航运业一片愁云惨雾的时刻，马士基集团上半年实现盈利21亿美元，可谓“万绿丛中一点红”。石油部门上半年盈利18亿美元，成为集团盈利的关键所在；而作为主业的集装箱航运业务，则亏损4亿美元，排在最后一位。
“不务正业”的马士基集团在海运下行周期中，避免了像中国远洋这样的以海运、码头、物流和造船为主干的上下游一体的航运物流企业遭遇的全产业链的“共振式下跌”。有人戏称，马士基集团就如同“中国远洋＋中国石油”的强强组合，拥有着无与伦比的国家资源。
1962年，斯温堡轮船公司和1912轮船公司被授予对丹麦海上资源的特许开采权。当时负责处理A.P.穆勒集团日常经营的马士基•迈克－凯尼•穆勒本人对涉足丹麦的石油开采业务并不十分积极，他认为将石油开采作为公司的主营业务会带来风险。即便如此，从当时的丹麦国王弗里德里克九世签订授予特许权那一刻开始，就注定了马士基集团将在丹麦石油和天然气开采中扮演重要的角色。2004年，马士基集团在石油开采方面的授权被丹麦政府批准延伸至2042年。毫无疑问，进军石油行业是一个具有划时代意义的决定，马士基石油部门为集团带来了丰厚的利润。
2002年以前，除了石油天然气开采外，马士基集团还涉足其他多个业务领域，包括造船、橡胶、塑料、医疗设备、航空运输、IT、零售、机械设备等行业，以期进一步分散风险。从各业务部门的历史业绩贡献及其比例可以发现，1996年海运和石油以外的业务利润贡献率为40%左右，但随着时间的推移，除零售外的其他业务部门都在萎缩，2001年至2002年间甚至出现了连续亏损。
2002年起，马士基集团开始调整战略，剥离过多的不赚钱业务。2002年，折价出售一家生产仓储控制系统的公司和一家生产轻量传送带的工厂；2003年，将医疗设备部门出售给私人股权投资基金，并将设在丹麦、法国、印度的刹车皮生产厂出售，部分航空业务、数据公司旗下的电脑软件和硬件业务也被出售；2004年，除出售剩余的数据公司业务外，还出售了波兰的刹车皮生产厂、传送带和滚珠生产厂，此外，生产塑料花瓶和生产工厂空气净化设备的工厂也被折价出售；2005年，出售航空客运业务，并将生产机械设备的DISA公司出售给一家私人股权基金；2006年，出售一家在英国提供离岸物流服务的公司、一家生产安全带的公司及其在奥丹斯的厂房、几架货运飞机；2007年上半年，出售生产橡胶产品的CodanGummi等四家子公司，航空业务也被整体出售。至此，橡胶、塑料、机械设备、医疗、航空、IT等业务基本被剥离。到2007年，马士基集团的主要业务只剩下海运、石油、零售和造船业务，其中，造船业务因持续亏损而受到剥离压力。
随着林林总总的子公司逐个被剥离，马士基集团重回原点。2009年马士基集团遭遇首次亏损后，安仕年积极加快剥离正在萎缩或亏损业务的步伐。该年8月，马士基集团做出明确表态：拥有91年历史的欧登赛造船厂将于2012年正式关闭，立陶宛巴尔基亚船厂将被挂牌出售。同时，通过引入回报率高的业务来缓解航运业不景气所带来的被动局面，2011年10月，马士基集团以14亿美元的价格出售其液化天然气运输业务。
到2012年，马士基集团已经逐渐形成了四大核心业务：集装箱运输、港口码头、石油开采和海上钻井平台业务。马士基集团表示，去年8月至今，四大主营业务已投入资金122.3亿美元。其中，投放于石油服务47.5亿美元，包括石油钻井平台、海底钻油船和海上补给船业务；油气业务投资额为39.8亿美元；马士基航运和马士基码头则分别投入19亿美元和16.1亿美元。
四大核心业务的布局从即将于明年初开始的新的集团管理层架构可见一斑。马士基集团宣布从2013年1月1日起，放弃现有的合伙人制度，由6名成员组成的执行委员会来负责集团管理。这6名成员分别是：马士基集团首席执行官安仕年，马士基集团首席财务官韦斯特里（TrondWestlie），马士基钻井公司首席执行官海明森（ClausV.Hemmingsen），马士基航运首席执行官施索仁，马士基石油天然气公司首席执行官汤姆森（JakobBoThomasen），马士基码头首席执行官费逸凡（KimFejfer）。
安仕年表示，马士基集团的核心业务领域是集装箱货运，在这个领域将确保世界第一；港口业务也将继续位居前列；在石油开采领域，计划每天生产40万桶原油并保持一个很有潜力的储量；将继续在深水钻井研发领域加大投资，力争成为全球市场领军者。
马士基集团的四大核心业务并不是各自独立不相干的，而是“配合默契”地共同发展。马士基码头长期进行集装箱码头的投资，主要原因是马士基航运是集装箱运输的领军企业。尽管是独立的码头运营商，不可否认的是，马士基码头用遍布全球的码头资源为马士基航运的全球性运输网络保驾护航。
6月15日，马士基码头与宁波港集团成立合资公司，共同经营宁波梅山保税港区的3个泊位，泊位的作业能力将按照马士基航运明年投入运营的全球最大的1.8万TEU型船量身定制；8月22日，俄罗斯正式入世，仅仅20天后的9月10日，马士基码头宣布将收购俄罗斯全球港口集团37.5%的股份，从而进入极具吸引力的俄罗斯市场，提前为马士基航运的拓展铺设网络。
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