商船三井早已和三井财团旗下的综合商社三井物产株式会社靠着交叉持股的关系形成了紧密的攻守同盟。日本的综合商社最厉害的地方就在于情报信息的搜集和分析，这对于靠海运为生的商船三井来说至关重要。
同时，作为三井物产的亲密同盟，在中国钢铁协会屡受挫折的情况下，根据商船三井公布的2006年3月~2007年3月财政年度业绩，公司赢利录得新高记录，为1825亿日元（约16.1亿美元），这已经连续第5年创出赢利新高。
这也迫使中国钢铁企业纷纷放弃国内的海运物流公司，转而投向日本海运的怀抱。2009年8月18日，中国华菱钢铁集团与日本邮船株式会社在华菱大厦签订了合作协议，日本邮船将为华菱提供从澳大利亚黑德兰港发运澳大利亚铁矿石至中国湛江港或防城港的运输服务。
同年9月8日，鞍山钢铁集团公司与日本商船三井株式会社签订了铁矿石长期海运协议，为鞍钢从巴西、澳大利亚进口铁矿石的安全运输提供服务。
日本不仅在铁矿石上利用上游资源、中游物流吸走了中国钢铁企业的大量利润，同时还挤压了中国物流企业的生存空间。
中国的制造企业纷纷通过日本海运进口资源，而国内土生土长的远洋物流如中国远洋同样不甘落后。2004年底，商船三井和日本邮船两家公司同中国最大的海运公司中国远洋运输集团合作，在广州建设装运汽车的港口，投资额几十亿日元。从此，日本的海运公司首次得以进入中国的港口建设行业。
而后仅仅一年的时间，2005年底，商船三井再度出手，协同日本邮船公司分别收购广州南沙滚装船码头12.5%的股权。广州南沙滚装船码头总投资约3.5亿元，年处理汽车能力达33万辆,年处理件杂货42万吨。该港口作为在中国生产的本田汽车惟一出口基地，而日本邮船、商船三井正是主要承运人。
激进的全球化战略
商船三井作为三井财团在产业链中游的中坚企业，将各种资源源源不断地输送到下游制造企业，堪称全球资源流动的传送带。
2008年元旦，时任商船三井社长芦田绍允发表贺辞，表示商船三井未来要彻底实现面向国际，同时继续加强营运安全质素。
他在东京总部表示，受惠于发展兴旺的航运市场，商船三井公司已经从一家日本公司，正式转型为全球化公司，未来将以国际海上运输贸易为公司发展重心。
商船三井是这样说的，同样也是这样做的。近年来，商船三井积极扩充大西洋区的海贸活动，同时积极介入其他经济高速增长的国家。如中国、印度、俄罗斯等国家，亦在该公司重点发展的航线之列。商船三井希望将海外收入比率提高至收入总额的60%。
2006年，商船三井、川崎汽船把两家公司在亚洲及中南美西岸的航线命名为“新安第斯”，共计投入9艘2000TEU船（川崎汽船5艘、商船三井4艘）。该航线挂港顺序以包括上海在内的中国港口为重点。南美西岸港将挂靠墨西哥、哥伦比亚、厄瓜多尔、秘鲁、智利5个国家。2008年3月19日，商船三井再次新增一条航线——CWL航线，以满足这条贸易线路快速发展的需求。这些航线看似平常，但实际上南美洲丰富的铁矿石、煤炭资源却通过商船三井等日本航运公司源源不断地运往世界各地。他们的规模越大，成本就越低，其他国家的航运公司就更加难以匹敌，世界资源产业链的中游被商船三井牢牢地抓在手中。而如此一个庞大的商船三井帝国，仅仅是挂在日本六大财团之一的三井财团旗下的一家物流企业而已。三井财团的核心是三井物产综合商社，财团中的物流、制造企业则靠着三井物产，相互紧密地联系在一起，通过交叉持股建立了紧密的战略合作伙伴关系，如果其他外国公司想要插手，可谓难如登天。
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