近年来，保税物流园区以及叠加保税物流功能的出口加工区逐渐成为进出口企业新的增长极。根据《保税区检验检疫监督管理办法》规定，对进出保税区的应检物须实施检验检疫和监督管理。从境外输入保税区的应检物，属于卫生检疫范畴的应实施卫生检疫，属于动植物检疫范畴的应实施动植物检疫。
但实际上，由于保税物流园区、出口加工区习惯上被认为是“境内关外”的特殊监管区，导致企业往往存在一种误解，认为从境外输入保税区的货物不需要实施检验检疫。而在日常监管过程中，由于部分入境物流货物输入保税区时，海关不要求其提供通关单，而只在货物输出保税区时，要求企业提供通关单放行。以上原因，导致保税物流园区、出口加工区入境货物逃漏检的现象时有发生。
为促进保税物流业务的健康发展，检验检疫部门建议：加强对企业的宣传，帮助物流经营企业和货主提高认识，深化法律意识和诚信意识；当地检验检疫部门要加强监督管理，对物流经营单位及货主要监管到位，有条件的检验检疫部门应对进入保税区的货物实施备案登记管理，货物出区时实施核销管理；依据有关法律法规，加大打击逃漏检行为的力度，对于有严重违法行为的企业，责令停止报检工作，并通知其行政主管部门停止其经营活动，直至追究法律责任；加强与海关的协调配合，不断建立健全通关协调机制、口岸合作机制和信息沟通机制，进一步提高通关效率，共同维护口岸安全。
