一、首次开展加工贸易业务的企业备案
首次开展加工贸易业务的企业，应向海关办理企业备案手续。办理企业备案手续应提交的单证及流程如下：
（一）应提交单证
1.加工企业（1）工商营业执照复印件；（2）税务登记证复印件；（3）加工企业的《对外加工企业登记表》复印件；（4）海关签发的《对外加工生产企业海关登记通知书》复印件；（5）外经贸主管部门签发的《加工贸易加工企业生产能力证明》正本；（6）《企业印章印鉴备案表》。
2.经营单位
（1）国家主管部门准予经营进出口业务的批准文件复印件；（2）工商营业执照复印件；（3）海关签发的《报关注册证明书》复印件；（4）《企业印章印鉴备案表》。
3.外商投资企业
（1）国家主管部门核发的《外商投资企业批准证书》复印件；（2）工商行政主管部门签发的营业执照复印件；（3）海关签发的《自理报关企业报关注册证明书》复印件；（4）《企业印章印鉴备案表》；（5）企业合同、章程复印件各一份；（6）外商投资企业的《外商投资企业登记表》复印件；（7）税务登记证复印件；（8）外经贸主管部门签发的《加工贸易加工企业生产能力证明》正本。
（二）作业流程
企业提交备案资料--海关验核--建立企业档案。
企业备案后，在符合海关监管要求情况下，可向加工生产企业所在地主管海关申请办理加工贸易合同登记备案手续。如企业备案情况发生变更，企业应向原外经贸审批部门办理变更手续，并在7天内将变更内容书面报告主管海关。
二、加工贸易合同登记备案
企业办理合同备案海关手续应提交的单证及流程如下：（一）应提交单证1.经营企业对外签定的进出口合同一式两份2.外经贸部门签发的《加工贸易业务批准证》一式两份；3.本年度《加工贸易加工企业生产能力证明》复印件一份；4.《合同执行情况表》；5.《登记手册》；6.《合同预录入呈报表》一份；7.新产品生产工艺流程图及成品所需料件单耗情况；8.外贸、工贸公司进料加工还需提供主管出口退税的税务机关签章；9.按规定需提交的其他单证。
（二）作业流程
合同预录入—向海关申报--海关审核—海关签发《银行保证金台帐开设联系单》—企业到指定银行办理台帐登记手续—海关登记《银行保证金台帐登记通知单》——核发《登记手册》。
三、异地加工
企业办理异地加工贸易海关手续应提交的单证及流程如下：（一）应提交单证
1.向经营单位主管海关办理异地加工贸易申请，应提交如下单证：（1）经营单位所在地外经贸主管部门核发的《加工贸易业务批准证》一式两份；（2）加工企业注册地县级以上外经贸主管部门出具的本年度《加工贸易生产能力证明》复印件一式两份；（3）《中华人民共和国海关异地加工贸易申请表》（以下简称《异地加工贸易申请表》）；（4）经营企业对外签定的进出口合同一式两份。（5）双方企业签订的符合《中华人民共和国合同法》规定的委托加工合同一份；（6）按规定需提交的其他单证。
2.向加工企业主管海关办理异地加工合同备案手续，应提交如下单证：（1）经营单位主管海关加封的内有《异地加工贸易申请表》、《加工贸易业务批准证》、《加工贸易生产能力证明》、《进出口合同》的关封；（2）双方签订的符合《中华人民共和国合同法》规定的“委托加工合同”一式两份；（3）合同预录入呈批表一份；（4）按规定需提交的其他单证。
（二）作业流程
向经营单位主管海关申办异地加工—经营单位主管海关审核并制作关封交经营单位--向加工企业主管海关申请异地加工合同备案—海关审核并按规定备案合同、核发《登记手册》。
四、合同变更
企业办理合同变更海关手续应提交的单证及流程如下：（一）应提交单证：1.变更合同一式两份；2.外经贸部门签发的《加工贸易业务批准证》一式两份；3.海关核发的《登记手册》；4.《变更预录入呈报表》；5.按规定需提交的其他单证。
（二）作业流程
企业报原加工贸易审批机关批准——企业向海关申请--海关审核—海关签发《银行保证金台帐变更联系单》—企业到指定银行办理台帐变更手续——登记《银行保证金台帐变更通知单》—核发已变更《登记手册》。
五、加工贸易分册
企业申办加工贸易分册及分册变更手续应提交的单证及流程如下：（一）应提交单证1.《加工贸易分册申请表》；2.海关核发的加工贸易《登记手册》（总册）；3.《登记手册》（分册）；4.按规定需提交的其他单证。
（二）分册变更
1.分册进口及出口商品的序号、品名、规格型号、计量单位不得变更；2.总册发生变更，涉及下列情况的，分册内容应做相应变更：（1）删除总册某一异地口岸；（2）删除总册进口或出口商品项；（3）减少总册某一进口料件或出口成品数量。
（三）作业流程
企业向海关申请--海关审核—核发分册。
六、发外加工
企业办理发外加工手续应提交的单证及有关规定如下：（一）企业申请外发加工，应同时符合下列四个条件：1.对在生产加工过程中的某个加工工序，企业无生产条件，确需委托其他企业加工，且产权不转移的；2.委托企业须事先向主管海关提出外发加工的书面申请，说明申请理由、受委托的加工企业情况、损耗情况及加工后返还日期等；3.委托企业与加工企业须签订符合《中华人民共和国合同法》规定的“委托加工合同”；4.外发加工料件必须从委托企业发出，加工完毕后，产品、余料、边角料等必须全部返回委托企业。
（二）应提交单证
1.《中华人民共和国海关保税货物委托加工申请表》（以下简称《委托加工申请表》）一式三份；2.委托加工合同二份；3.委托企业及承接加工企业《营业执照》、法定代表人身份证明复印件；4.《登记手册》；5.按规定需提交的其他单证。
（三）外发加工成品必须在海关规定的期限内运回委托企业。合同核销时，委托企业须向海关提交《委托加工申请表》和有关送货单。
七、深加工结转
（一）向转出地海关备案开展深加工结转，应提交单证：1出口方的《登记手册》（复印件），复印内容应包括手册封面、加工合同备案情况表；2《申请表》（一式四联）；（二）向转入地海关申请开展深加工结转，应提交单证：1《申请表》（第二、三、四联）；2结转双方企业的《登记手册》（复印件），复印内容应包括手册封面、加工合同备案情况表；（三）作业流程企业向转出地海关备案—企业向转入地海关申报—经转入地海关批准后，转入、转出企业在结转计划有效期内送货完毕—转入、转出企业各自向其主管海关如实办理报关手续。
八、合同余料结转
应提交单证：
（一）转入、转出企业的《登记手册》；（二）进口和出口货物报关单（手写单）；（三）申请企业的书面报告；（四）余料结转申请表。
九、保税货物内销
（一）应提交单证
1.《登记手册》；
2.进口货物报关单（手写单）；
3.申请企业的书面报告；
4.外经贸主管部门的批件；
5.按规定需交验的各种许可证件；
（二）作业流程
企业向海关加工贸易监管部门申请--海关审核并制作关封交企业—企业到通关现场办理征税手续。
十、加工贸易料件退运或退换的处理
（一）受理范围
1.加工贸易进口料件在进境结关后因发错货、料件质量及规格型号不符，需退运或退换的；2.合同中止或变更，有关原材料需退运出境的；3.合同执行完毕，办理核销手续时，剩余料件需退运出境的；4.退运的类别：来料料件复出0265、来料料件退换0300、来料边角料复出0865、进料料件复出0664、进料料件退换0700、进料边角料复出0864。对直接退运货物，按直接退运货物的管理办法办理。
（二）应提交单证
1.书面申请报告（说明退换或退运的原因、复进口的时间，由合同双方签章）；2.《登记手册》；3.原进口货物报关单复印件以及手写出口报关单（原材料退运才提供）；4.《加工贸易料件退运申请表》一式两份；5.按规定需提交的其他单证（如外商要求退运的有关文件，质量检验证明等）。
（三）作业流程
企业向海关加工贸易监管部门申请--海关审核并制作关封交企业—企业到通关现场办理手续。
十一、因自然灾害造成保税货物受损的处理（一）因自然灾害造成保税货物受损，企业应在灾后7日内向主管海关书面报告；（二）企业办理因自然灾害而受损保税货物征、免税手续，应提交单证：1.《登记手册》；2.进口和出口报关单；3.经外经贸主管部门加注认可意见的申请企业的书面报告；4.公安消防部门出具的火灾鉴定证明（限火灾受损的情况）；5.商品检验检疫部门出具的灾后残次品检验证明或保险公司出具的保险赔款通知书；6.海关认可的其它有效证明文件。
十二、手册续本
（一）加工贸易手册进出口栏目填满后仍有进出口业务的，企业可向主管海关申请核发手册续本。
（二）应提交单证
1.书面申请报告；
2.原《登记手册》。
（三）作业流程
企业申请--海关审核—核发续本。
十三、合同核销结案
（一）企业应在《登记手册》到期或最后一批加工成品出口后的一个月内向海关办理合同核销结案手续。
（二）应提交单证
1.《登记手册》（含续册及分册）；2.《对外加工装配合同核销申请表》或《进料加工合同核销申请表》（以下简称《核销申请表》一式两份；3.进出口货物报关单；4.《合同核销预录入呈报表》；5.海关认为必要的其他单证（1）内销补税报关单及税单；（2）申请放弃进口保税货物提交书面申请报告；（3）涉及料件补税提供《内销批准证》及必要的许可证件；（4）边角料、残次品等内销补税申请报告；（5）其它单证；（三）作业流程企业提出核销申请—海关审核—海关开具《银行保证金台帐核销联系单》—企业到中行核销台帐—海关登记《银行保证金台帐核销登记单》—海关签发《核销申请（结案）表》。
十四、遗失《登记手册》
企业遗失《登记手册》应及时报主管海关，同时提交如下单证：（一）申请企业的书面报告（须有企业法人代表签章）；（二）公安机关出具的证明；（三）刊登遗失手册声明的县级以上机关报；（四）进出口货物清表一式两联（表内应注明“内容属实，如有不实，由海关按有关规定处罚”）；（五）进出口货物报关单（如企业无法提交进出口货物报关单，须提交原进出口口岸海关的查单情况证明）；（六）原缴纳海关监管手续费票据；如该《登记手册》仍有进口料件未加工或加工成品未出口的，经海关审核同意，可办理余料结转、退运或成品出口等手续。
十五、放弃《登记手册》
合同在有效期内无货物进出口，企业放弃执行《登记手册》的，应提交以下单证：（一）经外经贸主管部门加注认可意见的申请企业的书面报告；（二）企业声明没有使用该《登记手册》进出口货物的书面保证（须有企业法定代表人签章）；（三）《登记手册》；十六、下厂核查（一）海关下厂核查时，企业必须准备以下单证：
1.财会帐：自营出口销售帐（来料加工无此帐）；固定资产帐；应收、应付帐；委托加工帐；库存出口产品帐；内销帐；银行存款帐；成本帐；现金日记帐等各类帐册以及有关记帐凭证；年度审计报告等。
2.仓库帐：原材料进出仓帐；成品进出仓帐；进出仓单；送货单；仓库盘点记录表；成品装箱单等。
3.车间领料单、备料单；生产记录单；料件组合、配方表等生产资料。
4.所有在执行的《登记手册》原件或复印件。
5.海关需要的其他单证。
（二）海关下厂核查时，企业负责人、财务人员、报关人员、仓管人员等有关人员必须到场，配合海关开展工作。
（三）企业应签收下厂关员送达的《外勤工作通知书》，并按要求据实反馈有关情况。
