空运亚太线的历史又被进一步改写是随着2008年中国海峡两岸企盼数十年之久的“三通”梦实现而来的。两岸分离近一甲子之后，终于在2008年底，从北京、上海、天津、深圳、台北、高雄等多个空港、海港同时启动两岸三通。空运亚太线空运航程大大缩短，两岸空运直航的成功对飞。
随着亚太线空运航程的缩短，不论是时间，还是金钱，都得到了很大程度的节省。双赢的格局不仅仅是两岸居民所乐见，两岸航运业者亦将获得丰厚回报。中国民用航空局（Civil Aviation Administration of China，简称“民航局”）的统计显示，空运亚太线两岸三通之后，以一架空中客车A330飞机为例，台北飞北京的一个单程，航空里程缩短1100公里，可节省8吨航空燃油。对台湾的航空公司來說，亚太线空运直航有如一场及时雨，让去年因高油价而亏损严重的业者，终于因两岸直航让营运有了生机。
那么，大三通重启对于空运亚太线到底有怎样的影响呢？曾经有人算过这样一笔账：从经济面来看，空运直航可以节省的时间效益估计每年超过30亿美元，海运每航次可以节省16小时到27小时，北线不必再弯靠日本石垣岛，每次可节省5000至10000美元的成本，空运亚太线有形效益每年节省40亿美元以上。
在陈明森看来，在新的形势下，台湾重提“亚太运营中心”具备了一定的可能性，但必须在亚太线海峡两岸联合的基础上才能实现。“海峡东岸和西岸的经济体联合起来，不论从腹地，还是人口、经济规模方面，在国内都是具有相当优势的。而空运亚太线中台湾本身的区位优势也比较明显，是世界性的黄金水道，成为空运亚太线中连接东南亚和东北亚的重要通道”。
未来上海、北京、香港和台湾会成为四个空运亚太线枢纽港，而它们彼此的地位难以互相取代。
