主要原则
为了实施多种贸易政策措施，特别是征收从价税，需要对商品的价值加以评估。进口商应缴纳此类关税的金额取决于关税税率和对进口商品的估价。为此，总协议的起草人在第六条中出于关税的原因规定了数种可能的估价方法，但是，总协定第七条允许成员国自由选用差异甚大的商品估价方法。《海关估价协议》旨在就第六条各款的应用规定一些规则，从而提高各款贯彻实施的统一性和确定性。该协议的目的是制定一项公平、统一和中性的海关对商品的估价制度，既符合商业实践的要求，又可避免武断或虚构的海关估计。
适用范围
本协议适用于海关对进口商品征收从价税的商品的估价。它并未规定出口关税的征收或依据商品价值实行配额管理时也有义务采用这种估价方法（但总协定第七条本身对此规定了义务），也未规定征收国内税或外汇管制时有义务采用这种估价方法，然而，并不妨碍协议各方自愿将协议中的每种估价方法用于上述各种目的。
可供使用的估价方法
本协议规定了6种海关商品估价方法，海关在使用这些方法时，应严格遵守下列顺序：只有当按照第一种方法无法有效地作出估价时，方可使用第二种方法，其后几种亦是如此（顺序遵守的规定也有一个例外，即当进口商提出要求时，可以颠倒第四种和第五种方法的顺序，然而，各发展中成员国可以规定前述进口商的选择要求必须得到海关的批准）。
六种方法如下：
第一种方法：交易价值。
本方法是协议规定的海关估价的基本方法，应尽量广泛地加以运用。交易价值，是指商品出口至进口国时实际支付或应支付的价格（这常常就是发票上的价格，但并非一定如此），但需经一些具体调整。只有当交易满足数项条件时，本方法才适用。其中一项条件涉及买方和卖方相互关联的情况。根据本协议，买卖双方相互关联本身并不能构成不接受交易价值的理由，只要双方的关系并不影响价格，那么，交易价值仍可接受。本协议提供其它可供选择的方法，借此可以建立：
——海关当局审查销售方面的情况，如有必要可同进口商进行对话。
——进口商可证明有待估价的商品的交易价值非常近似于以前已为海关当局所接受的相同或相似的商品的海关估价（“标准估计”）。
第二种方法：相同商品的交易价值。
海关估价依据当时对相同商品在相同或大致相同的时间出口到同一进口国的交易价值予以确定。如有必要，可针对商业规模以及或数量的大小作适当的调整。
第三种方法：相似商品的交易价值。
除相似商品而不是相同商品的交易价值用于海关估价的依据外，此种方法与第二种估价方法完全一样。
第四种方法：扣除法。
估价是通过对该商品或相同或相似商品在进口国销售给不相关的购买者时的单位价值作出一定程度的扣除决定。此种方法的变种是采用进口商品在进口国加工后用于出售实现的价格；在此种情况下还要扣除进一步加工的增值部分。这一变种仅在应进口商的请求之下方能使用（那些已利用本协议提供给它们的，无论进口商是否已作出请求可选择适用本变种方法的发展中国家除外）。
第五种方法：估算价值。
采用此方法，海关估价包括生产成本及某些其它规定的额外费用，如润和一般费用的总和。
第六种方法：顺序类推法。
如果用上述任何方法都不能确定海关估价，应通过采用与本协议的原则或总协定第七条相符的合理方法在进口国可得到信息的基础上加以确定。
禁止使用的估价方法
海关估价无论如何不得依据下述方法加以确定：
进口国生产的商品在本国的销售价格；
可供海关从两种可选择的估价中选用较高的估价制度；
出口国国内市场的商品价格；
除已确定的进口商品的估算价值，或在采用顺序类推法已确定的与上述3.5所列条款相符的相同或相似产品的估算价值以外的其它生产成本；
出口到除进口国以外其它国家的商品价格；
最低海关估价；或武断的或虚假的估价。
进口前的运输、保险等费用的处理。
本协议允许由各方自行规定将下述费用全部或部分包括或排除在海关估价价值之内（外）：
进口商品运送到进口港或进口地区的运输费用；
有关装卸费、手续费；和保险费。
这意味着签约方可自行选择采用出厂价、离岸价或到岸价的方式来实施本协议。
海关估价的其它规则
与本协议海关估价其它规则有关的问题如下：
——货币兑换的汇率；
——为估价目的而规定的机密性资料；
——公布法律、法规、司法规则及行政规章；
——如最后确定价值有所延误，进口商有权从海关提取其货物；
——进口商有权获得对其货物如何予以确定海关估价的书面解释；
——进口商有权对估价确定提出申诉。
海关当局的权利
本协议明确规定协议中的任何内容都不应被理解为限制或怀疑海关当局有权为海关估价的目的查清所提出的任何陈述、单证或申报单的真实性或准确性。
特殊及差别待遇
本协议及其议定书（被视为本协议不可分割的一部分）包括有对发展中国家的特殊及差别待遇条款。可供发展中国家采用的使其海关当局能够使进口商在颠倒扣除法与推算价值法的顺序以及采用扣除法的变种方面，海关当局可以取消进口商正常享有的权利，这些特殊可能性业已提及（分别见上述13及3.4款）。
有关特殊及差别待遇的其它条款如下：
推迟适用
发展中国家可在本协议生效之日起不超过五年的期限内，推迟适用本协议的条款。如果这一推迟被证明还不够，还可请求再延长，只要能提出充分理由，本协议各方将对此项请求予以同情考虑，这一点应为各方所理解。此外，发展中国家可在适用本协议所有其它条款之后不超过三年的期限内推迟适用有关推算价值法的条款。
官方规定的最低价值
依据官方规定的最低价值估价商品的发展中国家可做出保留，以使其能在可能经本协议各方一致同意的条件下，在一段有限的过渡期间保留此类估价方法。
技术援助
发达国家经发展中国家请求应向其提供技术援助。
独家代理商、独家批发商以及独家特许权转让人本协议各方一致同意，如在有关由适用本守则的发展中国家的独家代理商、独家批发商以及独家特许权转让人经办的进口做法中出现问题，在此类国家的请求下，应对此项问题予以研究，以寻求适当的解决途径。
