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海关将改革加工贸易传统的监管模式，简化现行手续，实现加工区货物在主管海关“一次报关、一次审单，一次查验”的通关要求。这一新的管理模式与传统的监管模式相比具有较大的优越性，主要有以下几个特征：
一、管理手段上强化了现代通信技术和计算机网络技术的应用，使用电子数据传输衔接海关之间监管，逐步取代传统的监管模式。
二、区域管理上强化了对区域的整体管理，简化了对逐个企业的管理。
三、加工贸易业务管理上强化了对企业开展的加工贸易业务的整体管理，简化了对逐个合同的管理。
四、货物通关管理上，强化了对进、出区货物在进出加工区卡口时的实际监管，简化了办理通关的手续，逐步满足现代跨国型企业零库存生产的需要。
具体做法是：
一、海关对加工区采取全封闭、卡口式２４小时监管制度。卡口分别设立货物和人员进、出通道；
二、海关对加工区企业采用计算机管理的模式。海关与区内企业应计算机联网，进行电子数据的传输和办理通关手续；加工区海关与口岸海关实行计算机联网；
三、对区内企业开展加工贸易业务不实行加工贸易银行保证金台帐制度，取消《登记手册》，海关改用电子帐薄管理，实行半年一次的总量扣减核销制度；
四、对区内与境外之间进、出的货物，实行“备案制”管理，货物进（出）口时，由企业填写《中华人民共和国海关进口（出口）货物报关单》，做货物进（出）口申报；
五、加工区与口岸、加工区与加工区之间进、出的货物、物品，采取直通式或转关运输的监管模式，一律在加工区主管海关报关，并在卡口查验、放行。
境内运入加工区货物的出口税收政策
国家规定，货物从境内进入加工区视同出口，除法律、行政法规另有规定外，出口退税政策按照以下规定办理：
一、从区外进入加工区供区内企业使用的国产机器、设备、原材料、零部件、元器件、包装物料，以及加工企业和行政管理部门所需办公用的建筑材料等，海关按照对出口货物的有关规定办理报关手续并签发出口退税报关单。企业凭报关单出口退税联及有关凭证向税务部门申请办理出口退税手续。
二、加工区内企业和行政管理机构从区外购买的职工所需生活消费品、交通运输工具，国家不予办理退税。
三、从区外进入加工区的进口机器、设备、原材料、零部件、元器件、包装物料、基建物资等，使用单位应当向海关提供上述货物或物品的清单，并办理出口报关手续，经海关检验后放行。上述货物或物品，已经缴纳的进口环节增值税、消费税，不予退还。
四、国内技术无法达到产品要求，必须将国家禁止出口或统一经营商品运至加工区内进行某项工序加工的，应报经外经贸部批准，海关比照出料加工的管理办法进行监管。其运入加工区的货物，海关不签发出口货物报关单退税联，税务部门不予办理退税。
境外进入加工区货物的税收政策
我国出口加工区设立后，从境外进入加工区的货物，其进口关税和进口环节税，除法律、行政法规另有规定外，按照下列规定办理：
一、区内企业生产所需进境的机器、设备、模具及其维修用零配件；区内生产性的基础设施建设项目所需进境的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；区内企业、行政管理机构进境自用的办公用品，均予以免税。
二、区内企业为加工出口产品所需进境的原材料、零部件、元器件、包装物件及消耗性材料，予以全额保税。
三、加工区内企业加工的制成品及其在加工生产过程中，产生的边角料、余料、残次品、废品等销往境外时，除法律、行政法规另有规定外，免征出口关税。
四、加工区内企业和行政管理机构从境外购买的自用交通运输工具、职工所需生活消费用品，予以照章征税。
境内运入加工区货物的出口税收政策
国家规定，货物从境内进入加工区视同出口，除法律、行政法规另有规定外，出口退税政策按照以下规定办理：
一、从区外进入加工区供区内企业使用的国产机器、设备、原材料、零部件、元器件、包装物料，以及加工企业和行政管理部门所需办公用的建筑材料等，海关按照对出口货物的有关规定办理报关手续并签发出口退税报关单。企业凭报关单出口退税联及有关凭证向税务部门申请办理出口退税手续。
二、加工区内企业和行政管理机构从区外购买的职工所需生活消费品、交通运输工具，国家不予办理退税。
三、从区外进入加工区的进口机器、设备、原材料、零部件、元器件、包装物料、基建物资等，使用单位应当向海关提供上述货物或物品的清单，并办理出口报关手续，经海关检验后放行。上述货物或物品，已经缴纳的进口环节增值税、消费税，不予退还。
四、国内技术无法达到产品要求，必须将国家禁止出口或统一经营商品运至加工区内进行某项工序加工的，应报经外经贸部批准，海关比照出料加工的管理办法进行监管。其运入加工区的货物，海关不签发出口货物报关单退税联，税务部门不予办理退税。
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