1958年，卫生部根据《卫生检疫条例》的授权，发布《中华 人民共和国国境卫生检疫条例实施细则》。《卫生检疫条例》及其实施细则，对海陆空港卫生检疫工作做了比较全面的规定，它是在总结中国卫生检疫80多年立法经验的基础上制定的，符合中国当时的卫生检疫的国情，科学性、实践性都比较强，对防止传染病的传入和传出，保障人民身体健康，促进外贸发展与人员交往起到了很大的作用。
“文化大革命”期间，卫生检疫工作遭到严重破坏，卫生检疫组织基本处于瘫痪状态，有的被合并，有的被撤销，大批业务人员下放农村劳动，一些传染性疾病悄然由国外传入，鼠患、虫媒密度上升，给疾病传播创造了条件。
党的十一届三中全会以来，党和政府非常重视卫生检疫工作，卫生部先后发布《国境口岸传染病监测试行办法》、《国境口岸卫生监督办法》、《实施卫生监督办法若干规定》等部门规章。这些规章补充了原来法规的不足，使卫生检疫改变了以前守关把口的传统模式，将检疫查验、疫病检测、卫生监督三者有机地结合起来，从而改善了国境口岸卫生检疫工作的面貌，扩大了卫生检疫在国内外的影响。
1980年，卫生部发布《国境卫生传染病检测试行办法》，规定流行性感冒、疟疾、登革热、脊髓灰质炎等为检测传染病。次年卫生部又发布《中华人民共和国国境口岸卫生监督办法》 。这一系列规章的颁布，极大地丰富了卫生检疫工作的内容，并对当时的卫生检疫工作起到了重要的指导作用，同时也为卫生检疫立法提供了很好的经验。
随着中国改革开放的持续深入，经济迅速发展，入出境的人员和货物数量也日益增加，卫生检疫任务十分繁重。为了适应新形势，促进对外贸易，繁荣中国经济，1986年12月2日，经第六届全国人大常委会第十八次会议审议通过，颁布了《中华人民共和国国境卫生检疫法》（以下简称《国境卫生检疫法》）。随后，卫生部根据《国境卫生检疫法》的授权，于1989 年发布了《中华人民共和国国境卫生检疫法实施细则》。《国境卫生检疫法》及其实施细则 以法律法规的形式规定了新形势下卫生检疫机构的职责、检疫对象、主要工作内容、疫情通报、发生疫情时的应急措施以及处理程序。同时，对入出境人员、运输工具检验检疫、物品 检疫查验、临时检疫、国际间传染病监测、卫生监督和法律责任也做了相应的规定。《国境卫生检疫法》的发布施行标志着中国国境卫生检疫工作进入了法制化管理的轨道。
为适应国境卫生检疫工作发展的需要，1988年5月4日，中华人民共和国卫生检疫总所成立，同年6月26日，卫生部发文确定第一批15个省、市、自治区卫生检疫机构上划卫生部直 接领导，至1992年全部上划完毕。1992年各地卫生检疫所更名为“中华人民共和国xxx卫生检疫局”，1995年中华人民共和国卫生检疫总所更名为“中华人民共和国卫生检疫局”。随着国境卫生检疫事业的蓬勃发展，检疫队伍也在不断壮大。截止1998年，卫生检疫机构由原有的17个检疫所发展到直属国家卫生检疫局的114个国境卫生检疫所，全国从事国境卫生检疫工作的人数已达5,000余人。
中国的进出口食品卫生检验，是中华人民共和国成立之后才建立和发展起来的。其中出口食品卫生检验，一直由商品检验机构负责。
建国初期出口食品卫生主要进行微生物和有害重 金属污染的检验。70年代初随着国外对食品卫生要求和管理越来越严，逐步开展了黄曲霉毒素、放射性污染、农药残留、兽药残留、食品添加剂和其他污染物等高新技术的检验，并实施了对肉类和食品加工厂的加工卫生条件的注册登记和监督管理。1982年11月，全国人大常委会公布了《食品卫生法》(试行)，1995年10月又正式修订为《食品卫生法》，明确规定“出口食品卫生由商品检验机构监督检验”。国家商检局与卫生部于1984年7月联合发 布《出口食品卫生管理办法》，使出口食品卫生监督检验完全步入正规发展的轨道。
进口食品卫生检验开始于60年代我国从国外进口粮油食品之时，初期进口食品卫生也由商品检验部门监督检验。1974年国务院以84号文件将进口食品卫生划归各口岸卫生检疫所办理， 并由卫生部报国务院批准承担进口食品卫生检验的防疫站可挂“进口食品卫生监督检验所”的牌子。
《食品卫生法》颁布后，进口食品卫生监督机构全面开展进口食品、食品添加剂、食品容器、包装材料和食品工具、设备、洗涤剂、消毒剂的检验，并负责办理进 口食品 经营部门和口岸餐饮业的注册登记工作。1999年出入境检验检疫局成立后，统一了全国的进出口食品卫生监督检验工作。
四、中国出入境检验检疫发展的新纪元
党的十一届三中全会以来，中国出入境检验检疫得到了长足、全面和迅速的发展。进出口商品检验、动植物检疫、卫生检疫在机构建设、队伍建设、法规建设、设施装备等各个方面不断发展壮大。为了更好地适应中国对外开放和发展外向型经济的需要，适应日益扩大的国际经济合作和对外贸易的需要，适应加入世界贸易组织及消除国际贸易技术壁垒的需要 ，1998年3月，全国人大九届一次会议批准通过的国务院机构改革方案确定，国家进出口商品检验局、国家动植物 检疫局和国家卫生检疫局合并组建国家出入 境检验检疫局。并于1998年4月成立。
新的国家出入境检验检疫局是主管全国出入境 卫生检疫、动植物检疫和商品检验的行政执法机构，其职责更加明确，法律地位更加清晰，机构和人员更加精简、高效。国家出入境检验检疫局设立在各地的直属局于1999年8月10 日同时挂牌成立。这标志着中国的出入境检验检疫事业已全面进入新的时期。国家出入境检验检疫局和各直属局的成立，开辟了中国出入境检验检疫事业发展的新纪元。
