一、进口单证
1.商业发票肯尼亚海关可接受两张以运输者为笺头的普遍商业发货单的英文复印件。发货单需包括保证报关的充足信息。发货单必须写明货物数量、原产国，货物在原产国的市场价格，货物和等级及价值、进口许可证号、附加全部包装费、保险费进口许可证号并写入发货单。值得注意的是，所有有关运往肯尼亚的货物的单证必须采用公制单位测量重量及其它指标。
2.海运提货单海运提货单一般应注明船主姓名、收件人姓名、地址、目的港、货物种类描述、运费及其它费用的清单、完整的提货单的编号并有货运公司开出的承运货物收据的日期及签字。所有这些内容应与发货单及包装上的相关内容完全一致，以保证按时清算。该单有两个副本，一份供交纳关税用，另一份供外币兑换用。在采用空运时，以空运提货单替代海运提货单。
3.海关估价单海关估价单需要三个估价单的副本。该单应包括有关货物完整、综合的目录及描述、装船国、运输方式、买方与卖主的姓名、地址、离岸价、到岸价及运费等。海关估价单一般由进口商填制，然后交肯尼亚海关确认并批注。
4.卫生及健康证明书进口动物受制于隔离管制条例，且只可在指定港口入境。每只进口的动物必须持有由合格兽医的开具的证明其在出口时无疾病的证明书。进口植物枝干、种子时应有由农业部开具的进口特许。进口旧服装时，必须出具服装未沾染病菌的证明。
二、进口关税
肯尼亚进口关税税率从0%至40%。进口用于生产出口商品的产品可获减税。园艺产品及农产品的出口商可免于交纳出口货物进口关税、增值税。所有费用及关税可用肯尼亚先令支付，汇率一般采用官方汇率。肯尼亚对于多数进口商品，要征收10%的附加税，对于糖、甜菜、烈性酒精、卷烟、烟叶、葡萄酒、矿泉水、饼干、肥皂、丝毛织物、大型车辆、装卸设备、涂料、光漆、搪瓷还要征收消费税。对于样品和广告材料，免税进口。
三、进口管道
肯尼亚实行进口许可证制。进口商必须获得由商业部和中央银行联合颁发的进口许可证或外汇分配许可证方准进口。为保护民族工业，肯尼亚对进口商品划分为四类：
1.最优先进口，包括药品、原料、零配件、农用物资、重要设备。为出口商品所需物资自动签发许可证。
2.次优先进口，视外汇储备情况决定是否签发许可证，若外汇充裕，可作为最优先进口。
3.须经主管部门批准后再签发许可证。
4.本国可生产、有替代产品、奢侈品等，严格掌握发放许可证。此外，根据商品性质，研究许可证的有效期。许可证有效期为6个月或3个月，逾期可再申请延长一次。
四、入境、仓储与转口
供消费、仓储、航运或转运的货物入境手续必须在船只到港后的规定时间内完成。在入境港口无人领取的货物在开始卸船的21天后将被运往海关仓库。若3个月后且已在政府公报上刊登广告仍无人提货，则货物将被拍卖。因转口进入肯尼亚的货物可以依保护合同通过肯尼亚并由海关管理至再出口为止。由转船入境的货物可直接由进口船转船，或在适当的海关官员允许的条件下于21天内办理转船。由船运和依合同转船而入境的货物可由海关货栈直接再出口而无需支付进口关税。转口货物的关税只有在保证会按原金额退还的条件下才支付。
五、内罗毕进口加工区
肯尼亚无自由贸易区，但有内罗毕出口加工区。该加工区向投资者承诺提供的鼓励措施包括：免除全部关税、增值税、销售税，所得税，以及拥有百分之百的外资所有权。出于制造以及商业目的，该区允许存在信息业、经纪人及维修业。其它出口加工区正在内罗毕南部和蒙巴萨地区进行建设，在1998年10月建成。
