一、进口单证
1.商业发票 用于计证关税的发票3份，用英文填写。发票须包括：a.出口商姓名和地址；b.发运方式，含船(船只的名称和国别)和空运(航空公司的名称)；c.船只或飞机的发送日期；d.发运国家和港口以及起飞港；e.菲律宾的卸货港；f.货包的标记、号码、数量和种类；g.毛重和净重；h.附有程度或质量标记的详细的商品名称和号码、商品售出时使用的标记或符号；i.供货条件(是否FOB、CFR、CIF价)；j.价值：必须以相同的货币单位说明出售价值；k.若有原产地，应注明原产地所在国别。最后，在发票结尾必须由一位有签名权的人士提交以下按规定注明的声明：“证书是真实和正确的。”
2.提货单 分为海运提单和航空提单两种。必须注明运输费用和重量。可以使用指示提单。但要注明一位被通知人地址。
3.货物清单 应为一式两份。发运货物必须有注明单件货物清单。另外，对于化学产品的进口，必须注明商品的准确名称。
二、进口关税
菲律宾的进口关税部分从量征收，部分从价征收。从量征收关税的产品有：酒精饮料、烟花爆竹、烟草制品、手表、矿物然、卡通、糖精、扑克等。从价关税税率范围为10-100%，以发材料价格为标准，涉及商品范围较大。菲律宾于1998年1月1日建立了增值税体制，税率为10%。农产品、海产品、化肥、农花和除草剂，一些石油产品、部分书籍和纸的进口免征增值税。匪律宾还征收文件印花税，该税一般用于提货单、接货单、汇票、其他交易单、保险单、抵押契据、委托书及其他文件。所有正式进口发票价值多于5000比索要交进口手续费250比索。这一费用将由进口商或委托人交给授权银行。菲律宾海关对以下情况之一的，免征进口关税：1.印刷材料、图画、像片、标签、目录册、价格册、小书籍等，但必须标有“不用于出售的样品或广告材料”的字样；2.有商业价值的样品，但价值不得超过1500美元；3.非用于出售或无商业价值的样品，以及注有“保健”字样的医药样品。
三、进口许可
需进口许可证的产品主要有汽车、拖拉机、小汽车、柴油机、汽油机、摩托车、耐用消费品、新闻版和印刷设备、水泥、与健康有关和与公安安全有关的产品。对于受限制的进口商品，需事先得到中央银行的审批，因为这类产品不是基础产品，所有这类产品分为二类：非基础消费品(Non-Essential Consumer Goods)和无类别消费(Unclassified Consumer Goods)。
对未在5日内向菲律宾海关申报入关的货物和一年后未从海关保税仓库提取的货物，菲律宾将予以拍卖。拍卖所得要清算拍卖费用。拍卖在通知日期10天后进行，30天内完成。
一般来说，价值在1000美元以上的进口货物需要由授权的银行(The Authorized Agent Banks, or AABs)发放通行证书(Release Certificate, or RC)。发放RC的条件是：⑴进口商支付海关关税、税金，并遵守其他规定；⑵原始货运单据的复印件，如商业发票，包装清单、提货单等，应呈交给授权的代理银行。代理银行还要对进口商品征收的全部海关关税收到保证金。
四、出口加工区
菲律宾有4个出口加工区：巴丹(Bataan)出口加工区、马克坦(Macton)出口加工区、甲米地出口加工区和碧瑶(Baguio)出口加工区。这4个出口加工区已成为与隔绝的独立小区域，它们使用进口的原材料和半成品进行加工、组装和制造各种出口商品。在上述4个出口加工区，投资者可享受到一系列的优惠待遇。它们包括：首批入区企业免征所得税6年，其他企业免征所得税4年；对区企业进口的机器设备、原材料以及企业运行必需的商品免征关税；免除区内企业的进出口税及各种费用；区内企业不受当地政府法规的约束；免除向外国企业汇回利润征收的15%的税收；机器、设备、原料等免征进口关税；加速固定资产折旧；优先配给外汇等等。另外，除上述4个出口加工区以外，近年来菲律宾在原美军事基地上建立了克拉克和苏比克经济特区，有关优惠政策参照4个出口加工区。
