上海海关根据不同隶属关区的定位和功能，积极调整工作策略，确保出口退税政策的平稳实施。
这次出口退税调整共涉及2831项商品，约占海关税则全部商品总数的37％。税率调整，不仅对进出口企业是一次考验，也给海关监管工作带来了挑战。
上海浦江海关驻航运交易所报关大厅地处市中心，报关便利。在这里，出现了企业突击集中报关现象。因为企业对出口退税的调整早有预期，自5月开始，特别是“五一”长假过后，航交所海关出口报关单量就开始猛增。据统计，今年5月8日至6月20日，浦江海关驻航交所集中报关点受理出口报关单近78万份，同比增加26%。报关量猛增对海关通关效率和监管手段提出了更高的要求。为此，上海浦江海关采取“两条腿”走路的方法。一方面提高管理效能，确保“当天单证当天清”，实行关员错时轮休制度，提高通关效率；另一方面，运用风险管理手段，为诚实守信、通关记录良好的企业提供便捷通关服务。此外，海关还调整了操作程序，确保船期紧急的单证正常通关。
此次税率调整规定，部分化工品的出口退税率将被取消，或从13%调整为5%。政策调整将使化工产品的出口贸易结构发生改变——
首先，政策实施将进一步扩大化工品在一般贸易和加工贸易方式下的出口价差。一般贸易出口成本在退税率降低后，将普遍增加8%至13%，从而导致其与加工贸易项下出口商品的成本差值扩大至12%至17%。成本的增加转嫁到商品的价格之上，就会导致相同的出口商品在一般贸易项下和加工贸易项下形成价差。以化工品聚合MDI（PMDI）为例，其出口退税率由原来的13%下调至5%，这意味着一般贸易方式下，企业在该项商品的出口上将损失8%的收益。该项商品出口价格若以每吨2000美元计，年出口2万吨此商品的企业每年将损失约320万美元。为了保证自身利益，企业将通过加大国内销售力度，提高一般贸易出口价格，开展或扩大加工贸易生产规模等三种方式，达到减少损失的目的。
其次，出口退税政策的调整将会造成国内化工品市场供求格局的变化，进而引起化工品的价格波动。由于抑制了出口需求，化工品销售可能逐渐转向国内市场，而内销数量的增长极有可能造成供大于求的局面，降低同类商品在国内市场的销售价格。
虽然化工产品能够在国内市场得到分流，但我国部分化工产品的产量仍远高于国内市场的需求量。仍以PMDI为例，作为硬聚氨酯泡沫塑料的原材料，PMDI被广泛应用于冰箱、保温材料、建筑行业、汽车保险杠、车内安全装潢及无甲醛的粘合剂等行业。巴斯夫、拜耳、亨斯迈等多家全球性的化工行业龙头企业目前已先后在上海化学工业区内投资设厂，生产该类产品。预计在2008年后，由于各企业均已投入生产，PMDI的产量将大大超过国内市场的需求量，出口势在必行。
受上述三大因素的影响，部分企业开始考虑将原来按照一般贸易方式生产出口的商品转为按照加工贸易方式生产出口。据了解，目前，上海化工区内的部分企业已向上海海关表达了开展加工贸易业务或扩大现有加工贸易业务规模的意向，并就相关政策规定进行了咨询。
大宗化工品进出口贸易方式结构的变化，将对海关的税收工作造成重大影响。以化工区口岸为例，上海化学工业区是上海市的新兴经济增长点之一，2007年1至5月，上海金山海关驻化工办事处共监管进出口货值5.19亿美元，开征税款6.02亿元人民币，与去年同期相比分别增长49.57%和69.58%，监管量和税款同步高速发展。其中大宗散装化工原料是该口岸的重点税源商品，今年前5月对其实征税款5.74亿元，占实征税款总额6.69亿元的85.8%。而进出口贸易方式一旦发生变化，对该口岸的税收必将产生较大影响。
另外，加工贸易业务的快速增长也要求海关提高应对能力。出口商品价格、国内市场化工品销售价格的变化，及国际市场的价格波动，则给海关审价工作带来了一定难度。
为此，上海海关对新开展加工贸易业务的企业开展业务指导，并在业务现场加强对办理加工贸易业务的审核力度。海关还加强了对出口化工品归类和价格的监控，收集相关进出口化工品的价格信息，关注其在国际及国内市场上的价格波动，防止企业钻政策的空子，伪报、低报价格。距离上海市区较远的海关部分现场口岸，例如洋山保税港区，政策辐射效应尚未显现，至今尚未出现突击申报、单量暴增的情况。
