近年来，上海检验检疫局积极促进上海检验检疫事业快速、健康、可持续发展，为特殊监管区域新一轮的经济腾飞保驾护航，为上海实现“四个率先”、建设“四个中心”作出了突出贡献。
上海特殊监管区域是按照国家总体战略部署所设立的保税港区、保税区、保税物流园区和出口加工区等区域的总称，它是上海不断扩大对外开放过程中形成的宝贵资源，也是加快转变经济增长方式、增强城市国际竞争力、推动上海“四个中心”特别是国际航运中心建设的重要载体。根据自身实际，上海局不断深化特殊监管区域检验检疫监管模式的改革，以服务特殊监管区域经济发展为目标，以优化特殊监管区域投资环境为主题，以解决深层次的体制机制问题为突破口，进一步促进行政执法方式更加符合国际通行规则，推动把关服务的质量和效率向国际先进水平靠拢，力求用更科学的管理模式、更先进的技术手段来实现“提速、减负、增效、严密监管”的工作目标，促进特殊监管区域各项工作全面发展。
在外高桥保税区，该局针对外管委推出的跨国公司营运中心的全新运作模式，提出创新检验检疫监管方式，对符合条件的跨国公司营运中心优先实施电子监管，推进诚信体系建设，为信用优良的跨国公司营运中心提供便捷服务等三个方面的支持措施，并承诺将对外高桥保税区跨国公司营运中心予以重点关注和大力扶持。
在促进特殊监管区域工作中，该局还严防疫病疫情，建立重大疫情、突发公共安全事件防控体系，形成“共防、共治”机制。针对洋山口岸应对与防控重大动植物疫情、与检验检疫工作相关的公共安全事件，先后制定了《洋山保税港突发公共卫生事件应急处置预案》和《洋山口岸高致病性禽流感疫情应急处置预案》。同时组织了高致病性禽流感防控演练和突发卫生公共事件的处置演练，既巩固了防控演练的成果，又锻炼了队伍，提高了对重大疫情、突发事件的应对能力。
启动“检港联动”等检验检疫新模式，加快通关速度，形成严密的监管机制是该局促进特殊监管区域工作的又一做法。为了积极推进“检港联动”方案，该局在洋山保税港实行了全新的报检审单系统；同时还利用洋山港公共数据传输系统与洋山港港区作业系统、船舶代理和货运代理业务作业系统进行信息共享和交互，实现对入境货物和集装箱检验检疫的信息化管理，既提高了用户的申报效率又提高了该局对入境货物和集装箱检验检疫的监管能力。
为加快特殊监管区域通关信息化建设，该局全面推进检验检疫“新三电”工程。目前，外高桥保税区所有受理报检业务的窗口已经全面实施了电子派单系统和电子排队系统以及物流园区电子审单系统，同时正式启动了物理单证电子监管系统和木包装检疫电子监管系统，加快了检验检疫业务信息化进程。
