2006年，福州海关税收再创历史新高，全年征收“两税”35.68元人民币，同比增收1.59亿元，增长4.66%。
税收是海关业务工作的“轴心”，福州海关以构建综合治税大格局统筹业务工作，逐步形成了监管、稽查、缉私等各业务之间整体联动、协调运转的良性机制，做到科学征管、应收尽收。同时，福州海关以助推“海西”为已任，积极落实《海关总署、福建省人民政府关于加快海西建设合作备忘录》精神，通过不断拓展和完善便利通关措施，积极开展“属地报关，口岸验放”通关模式，推广网上支付、加工贸易联网监管等改革措施，推动福建口岸通关环境不断优化，促进了福建省外经贸的快速增长。据统计，2006年福建省实现进出口626.63亿美元，比上年同期增长15.16%。进出口贸易量的增长带动了海关税收的增长。
