2006年3月8日，全国出入境边防检查机关第一个统一的检查系统将在厦门出入境边防检查总站及其下属的东渡、高崎、海沧三个边检站投入使用，本系统的正式启用有助于提高出入境边防检查工作效率。
据悉，厦门边检总站及其下属的各边检站原使用的是十年前投入应用的检查系统，该系统存在可扩展性不强，较难与其他口岸形成联网，数据检索、统计操作也较为繁琐等缺点，已越来越不适应形势需要。为了加快新系统的应用，高崎边检站在厦门边检总站的支持下，先后投入200多万元用于购买70多套专用工作站、服务器等技术装备和加强网络建设，并组织全体一线执勤人员进行为期4个多月的专门培训，以尽快形成战斗力。
在信息共享方面，新系统可以与全国各口岸的边防检查系统联网，真伪证件的特征、旅客出入境记录等资料都可以实现全国共享。
在自动化方面，随着新系统的启用，违法违规案件的处理从发现问题到处理问题的流程都可以在网上实现，只要填好当事人的资料，法律文书立刻自动生成。
在口岸的管控方面，通过新系统，边检站可以通过执勤现场的监控镜头对口岸各限定区域进行全方位的监督，可以及时防范、打击口岸限定区域内的违法行为，维护口岸的正常出入境秩序。
此外，新系统的一些新增功能对于提高交通运输工具的通关速度也有较大的推动作用。例如，根据我国规定，出入境航班的机组必须先经国家民航总局审批，未经审批的，一律不得出入境，在旧系统的条件下，每次查验机组，边检站都要把航空公司提交的机组人员名单与国家民航总局下发的名单进行核对，费时费力，影响了机组通关的速度。通过新系统，边检机关可以预先将国家民航总局下发的名单录入电脑，在为机组办理出入境手续时，只要机组人员在名单内，电脑就会自动给出提示，省去了翻阅文件的时间，有利于机组及航班查验速度的提高。
