(1)申报进料加工货物发生实际进出口时，进出口申报应向海关递交下列单证： ①进出口货物报关单（粉红色）一式4份；②《登记手册》；③货物的运单、发票、装箱单；④海关认为必要的其他单证。
(2)接受查验。
(3)办理征免税手续。
(4)海关对进料加工进出口货物的监管规定。对进料加工进出口货物，海关区别情况，按以下规定进行监管：
①保税工厂和备料保税仓库。如经营单位所属企业专门加工出口产品的工厂、车间或经营单位本身拥有专门储存进口料件和加工成品的仓库，建有健全的专用帐册、专人管理制度，并具备海关严密监管条件的，海关可以批准其建立保税工厂或备料加工保税仓库，其料件进口进先予保税，加工后对实际出口部分所耗进口料件予以免税，不出口部分予以征税。
②对口合同。对签有料件进口和加工成品出口的对口合同（包括不同客户的联号合同）的进料加工，经主管海关批准，可对其进口料件予以保税，加工后对实际出口部分所耗进口料件予认免税。
③按比例征税。对不具备上述①、②项条件的进料加工项下的进口料件，海关根据《进料加工进口料件征免税比例表》的规定，分别按85%或95%作为出口部分免税，15%或5%作为不能出口部分照章征税，如实际不能出口部分多于或少于已征比例，经海关审核无讹后，分别予以补税或退税。
④全额征税，出口退税。对有违反海关规定行为的经营单位和加工生产企业，海关认为必要时，对其进口料件，在进口时先予征税，待其加工复出口后按其实际所耗的进口料件予以退税。
⑤对国外客户免费提供或者有价提供有关进料加工复出口商品所需进口数量零星的辅料、包装物料以及数量合理、直接用于服装生产车间的打扣工具和胶针枪等小型易耗性生产工具，海关予以免税。为简化手续，海关凭签章的合同副本，办理上述物料的免税登记手续，不再核发《登记手册》。
⑥进料加工项下进口的料件，应自进口之日起1年内加工成品返销出口。如有特殊情况需要延长期限的，应向主管海关申请延期。延期不得超过1年，逾期仍不能复运出口，应按一般贸易办理进口手续。
⑦已在海关登记备案的合同，如发生变更、转让、中止、延长、撤销等情况，经营单位应于料件进口前，据实向主管海关办理变更或撤销手续。
⑧出口合同中规定由国外客户免费或有价提供的原辅料和物料，加工成品后，如有剩余，由经营单位提出申请，海关同意后，可以转入其他出口合同继续加工出口，如有内销，应及时补交关税和进口环节税。
⑨进料加工项下的加工成品，原则上不宜以易货方式出口，但如不能按计划出口，需采取易货方式销往独联体、东欧国家的，应由有关外贸公司向外经贸主管部门报告，由外经贸主管部门报外经贸部有关司核准，海关凭该司批件验放。
⑩进料加工项下的加工成品，对外成交结汇后应实际离境出口，不允许外商委托我境内加工企业或外贸经营单位将成品直接从我境内运往独联体、东欧国家。
⑾进料加工合同项下免税进口的料件，应坚持专料专用，不得与国内其他料件串换使用。在特殊情况下，因加工出口成品急需，拟使用国内同品种、同规格、同等数量的原材料顶替进口原材料，并无出售盈利赚取差价等问题，应事先报主管海关核准。
⑿海关对有色金属、黑色金属、棉花纺纱行业的进料加工，因生产工艺必须与国内其他料件串换使用，有以下规定：
一是工艺性料件串换，经营单位应经主管海关核准，并具备保税工厂监管条件；
二是工厂要健全管理制度，按海关要求建立帐册、记录投料与产出时间备查。不允许先出口后进口，或不经加工在国内收购产品出口。不允许倒卖进口料件。
三是出口成品中，属于搭配使用国产原料加工出口部分，如属应征出口税的，可予免税。
四是对进料加工出口产品，出口企业向海关申请进料免税之前，须持外经贸主管部门的批件，送主管出口退税税务机关审核盖章，并将批件复印留存备查。产品出口时，企业应增填一份“出口退税货物专用报关单”。对出口企业报关出口但不实际离境的产品，不予办理退税。
五是凡经营金银制品的进料加工企业，所需金银进口时，应向海关提供中国人民银行总行，或其授权的分行的批件，否则，海关不予放行。
六是根据外经贸部规定，下列商品开展进料加工需经外经贸部审批，海关凭外经贸部批件及其他有关文件办理登记备案手续；
a.禁止出口商品;b.军民通用化学品;c.易制毒化学品;d.重水;e.食糖的进料加工需报外经贸部审批，但不包括以进口白糖为部分原料加工食品、粮食制品复出口的业务。对以进口白糖（包括砂糖、棉白糖等）为部分原料加工食品、粮食制品复出口的业务，批量进口在500吨以上，或年进口量超过1000吨的，由有关外贸总公司、工贸公司或地方外经贸委报外经贸部审批。限额以内的仍按原管理办法办理有关手续。经营单位应签订进出口对口合同，原料进境后加工复出口期限不得超过半年。f.开展铜及铜基合金、食糖、新闻纸、原油（成品油）、钢铁、生铁、锌锭、铝及铝基合金的进料加工业务凭外经贸部的批件进行审批管理。
