“出口收汇企业专用系统”是“中国电子口岸”中企业专用的一个子系统。企业凭操作员IC卡在网上完成向外汇局申请核销单，口岸备岸、批量备案、企业交单、核销单挂失业务；同时还可利用“组合查询”功能，查阅本企业的核销单、报关单、核销单登记发放表、核销单申请表、核销单申请审批表的内容，以了解本企业核销单的使用情况。
企业在出口收汇系统运行中需做好以下几项工作：
（一）关于核销单的申领及有效期
自系统运行之日起，出口企业需上网申领新版核销单（即加贴或加印了“条型码”并盖有“联网试点专用章”的纸质核销单）。空白新版核销单无需填写有效期，视同长期有效。全国海关将对新版纸质核销单进行电子底帐数据联网核查。
企业在到外汇局领取新版纸质核销单之前，需上网向外汇局申请所需领用核销单份数。企业在网上申请后，不需等待外汇局的网上审批，既可凭本企业操作员IC卡到外汇局领取新版纸质核销单。外汇局根据企业网上申请的新版核销单份数以及本地出口收汇核销系统确认的企业可领单数量，向企业发放纸质新版核销单，同时将所发新版核销单电子底帐数据联网存放到公共数据中心。
企业领单时可以不用当场在新版纸质核销单上填写单位名称或加盖单位名称章。新版纸质核销单正式使用前需填写单位名称或加盖单位名称章并加盖单位公章。
（二）关于核销单使用的出口口岸备案
企业到海关报关出口前，必须上网向报关地海关进行新版核销单使用的出口口岸备案，以便将核销单电子数据传送到该海关。一张核销单只能对应一张出口报关单。未进行口岸备案的新版核销单不能用于出口报关。已进行口岸备案的新版核销单，在未被用于出口报关的情况下出口口岸发生变化时，可上网申请变更并重新设置出口口岸。
（三）关于交单
企业出口后不需再到外汇局进行交单，可以上网将已用于出口报关的核销单向外汇局交单。
对于预计收款日期超过报关日期90天以上（含90天）的远期收汇，企业应当在报关后60天之内进行网上交单，凭远期出口合同、核销单向外汇局备案，并应当在核销单的“收汇方式”栏注明远期收汇天数。凡未向外汇局备案的，一律视作即期出口收汇。
企业如需要在报关后60天之内办理出口收汇核销手续的，应当在货物实际报关离境后立即向外汇局进行网上交单，再到外汇局办理相关出口收汇核销手续。
（四）关于核销环节
即期出口项下，企业应当在出口报关之日起100天内凭核销单、报关单、出口收汇核销专用联到外汇局办理出口收汇核销手续；远期出口项下，企业应当在合同规定收汇日起10天内持上述材料到外汇局办理出口收汇核销手续。
（五）关于核销单遗失
企业遗失空白新版核销单的，应当立即自行上网挂失或向外汇局申请挂失。如因未及时挂失造成经济损失或导致违规行为的，责任由企业自负。
（六）关于核销单综合信息查询
企业可以在网上对核销单的领取、使用等信息进行综合查询，以了解本企业核销单的运转情况，加强核销单管理。
（七）企业如遇到新版核销单或报关单无电子底帐数据或纸质单证与电子底帐数据出现差异等情况，由企业持新版核销单或报关单到发放新版核销单或签发报关单的相关外汇局或海关查询，接到查询要求的外汇局或海关应当在五日内解决问题。如属纸质单证出具有误，外汇局或海关应当更改纸质单证；如属电子数据有误，外汇局或海关应当更正或补充电子数据。
