依托珠三角的经济腹地和接壤香港地区的地理优势，深圳港在10余年中迅速崛起，2004年，深圳港吞吐量达到1365.9万标准箱，和上海港的差距缩小到100万标准箱。
这让香港很担心。“如果作为香港四大支柱产业之一的集装箱运输业也像当年制造业一样转移到深圳，那么，香港将再遭‘产业空心化’困扰。”香港航运专家、大连海事大学港航研究所钱耀鹏教授介绍。
不过，美国供应链管理协会中国首席代表、中国综合开发研究院物流研究中心主任王国文博士认为，与深圳港相比，香港港仍存在一定优势。从国际航班航线的密度来看，香港国际航线航班数量远远超过深圳港；从清关手续来看，香港实行自由港政策，除对毒品、军火、烟酒等交易货品限制外，其余一律开绿灯，而深圳由于打击走私的需要，开箱查货率一般在3%~5%左右；从离岸金融结汇来看，香港外汇自由进出，而深圳受到外汇管制，港航结算在香港较为便捷。
青岛海洋大学的王教授认为，从珠三角港口集装箱运输的竞争势头看，目前，处于主导地位的为香港港口和深圳港，将来可能会加入这一竞争格局的为广州港南沙港区和珠海港，南沙港区近期应力争确立未来在珠江西岸的中心地位。
据了解，广州将在短期内再投资人民币50亿元以上来改造及扩充现有的南沙港，将广州港区建成一个国际亿吨大港和华南地区现代物流最大的中心节点。
广州港务局副局长丁志明表示，珠三角地区高密度的港口是与当地发达的市场经济相适应的。广东制造业的八成集中在珠三角地区；去年广东对外贸易进出口总额超3500亿美元，占全国三成多，名列全国首位。
群雄并起
除了南沙港，珠三角港口群可谓群雄并起。
珠海洪湾港码头(一期)将在今年内全面完工。高栏港两个5万吨级集装箱码头和8万吨级石化码头刚刚获得国家发改委核准，将在近日重新评标后开工。
惠州市基础设施战略规划(2003~2015年)提出，建设全国大动脉京九铁路南端最便捷的出海通道，力争成为全国的主枢纽港之一。
湛江港能适应港口大吨位船舶停靠需要的湛江港25万吨级(预留30万吨级)深水航道吹填区工程项目用海，最近已获得国务院批准，等等。
中国港口协会理事长屠德铭表示，香港与珠三角地区越来越明显地打破了行政区划，珠三角的港口群体定位一定要比较明确，哪些港口是作为主枢纽港，哪些作为支线港，在这样一个网络里面大中小港口要互相配合，它的运行要更有效率，要把现在出现的一些无序竞争的苗头掐灭。
“在珠三角的港口建设中，港资成为港口发展资金的重要来源之一。如深圳、珠海、南海、惠州等集装箱码头和专业化码头的建设，港资在里面发挥了不可小视的作用。”深圳大学经济学院副院长韩彪说，“香港企业家都在深圳港区投资建设码头，两大港口更像一盘棋上的两枚棋子。”他不赞成单以集装箱吞吐量增长来比较两个港口的做法：“就像一个成年人与一个儿童对比身高的增长一样，这没有意义。双方更需要在竞争中合作。”
相关专家表示，珠三角港口未来的竞争，将不是本区域港口之间的竞争，也不是珠三角与长三角、环渤海经济圈的竞争，而是珠三角港口与新加坡、釜山等港口的竞争。珠三角港口将来要在一体化条件下生存，必须协调各自的优势，突出整体的竞争优势。
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