金马与福建沿海地区直接往来自2001年首航到2005年6月为止，进出金门港与福澳港的船舶总计已达1.5万艘次，其中台湾船舶占44.3%，大陆船舶占54.5%。台湾着重旅客运输服务功能，大陆偏重于原物料输出。
金马直航已经4年，货物装卸累计230万吨，其中自大陆进入台湾港口货物计有229.8万吨，占99.9%，主要是大陆输出沙石及建材等原物料。至于走两门两马航线的旅客共计95.1万人次，其中有94%为台湾旅客。
