植物检疫在国际贸易中的重要作用可以从以下三个方面来说明：
1.外来物种入侵造成的损失巨大
由于植物检疫不严，以及其他各方面的原因，我国外来物种不断增加，这些外来物种的入侵给我国的国民经济造成了巨大的损失。2006年国家林业局造林司估计由于外来物种入侵林业的损失是每年660亿。农业部门的估计是每年损失574个亿。
美国白蛾1945年传入日本，后传入朝鲜半岛。1979年传入我国东北，现已侵入北京、山东等地。据估算2004年美国白蛾给我国造成的损失合计为2.300亿元～3.052亿元。
原产南美的凤眼莲(水葫芦)，1901年作为花卉引入我国，五六十年代曾作为猪饲料推广，此后大量逸外野生。在云南昆明市，20世纪70-80年代建成了比较理想的大观河水上旅游线路，游人可以从昆明市内开始乘船游滇池和西山。但自20世纪90年代初开始，大观河和滇池中的水葫芦“疯长”成灾，覆盖了整个大观河以及部分滇池水面，致使这条旅游线路被迫取消，原来在大观河两侧的配套旅游设施只好报废或改作他用。
有森林“SARS”之称的松材线虫1982年随木质包装从日本传入我国南京，随后在广东、浙江、山东、湖南等地相继立足。对黄山、张家界等风景名胜区构成了巨大威胁。湖南是我国第十二个松材线虫病疫情省，自2003年9月首次在郴州发现染病枯死马尾松以来，目前发生范围已扩展到4市6县，发生面积超过1万亩，对全省4236万亩松林资源构成严重威胁。松材线虫病直接威胁到武陵源世界自然遗产(张家界国家森林公园)、毛泽东故居韶山、南岳衡山的生态安全。
美洲斑潜蝇最早于1993年在海南发现，到1998年已在全国21个省市区发生，面积达130万公顷以上，它寄生22个科的110种植物，尤其是蔬菜瓜果类受害严重，包括黄瓜、甜瓜、西瓜、西葫芦、丝瓜、番茄、辣椒、茄子、豇豆、菜豆、豌豆和扁豆等。目前在我国，每年防治美洲斑潜蝇的成本高达4亿元。
外来生物的入侵除了直接造成巨大的经济损失以外，还将带来以下危害：
(1)对生态环境的影响。
在自然界长期的进化过程中，生物与生物之间相互制约、相互协调，将各自的种群限制在一定的数量上和栖息环境中，形成了稳定的生态平衡系统。当一种生物传入到新的栖息环境后，如果脱离了人为控制逸为野生，在适宜的气候、土壤、水分及传播条件下，极易大肆扩散蔓延，形成大面积优势群落，破坏本地动植物组成，危及本地濒危动植物的生存，造成生物多样性的丧失。
由于薇甘菊排挤本地植物，广东内伶仃岛上的猕猴缺少适宜的食料，目前只能借助于人工饲喂。飞机草在西双版纳自然保护区的蔓延已使穿叶蓼等本地植物处于灭绝的边缘，依赖于穿叶蓼生存的植食性昆虫同样处于灭绝的边缘。
(2)对人类健康构成直接威胁。
豚草花粉是人类变态反应症的主要致病原之一，所引起的“枯草热”对全世界很多国家的人类健康带来了极大的危害。一些外来动物如福寿螺等是人畜共患的寄生虫病的中间宿主，麝鼠可传播野兔热，极易给周围居民带来健康问题。
2.WTO规则与植物检疫
世界各国在进出口贸易中均非常重视植物检疫工作，在WTO的众多协议或协定中，与植物检疫有关的有《农产品协议》、《技术性贸易壁垒协议》、《实施卫生和植物检疫措施的协定》(Agreement on the Application of Sanitary and Phytosanitary Measures,简称SPS协议)，与植物检疫关系最密切相关的是SPS协议，要做好入世后的植物检疫工作，首先要认真研究SPS协议，掌握其精神实质，特别是其中对发展中国家的优惠待遇。SPS协议是世界贸易组织在长达8年之久的乌拉圭回合谈判中达成的一个重要的国际多边协议。
随着国际贸易的发展和贸易自由化程度的提高，各国实行动植物检疫制度对贸易的影响已越来越大，某些国家尤其是一些发达国家为了保护本国农畜产品市场，多利用非关税壁垒措施来阻止国外尤其是发展中国家农畜产品进入本国市场，其中动植物检疫就是一种隐蔽性很强的技术壁垒措施。由于GATT和TBT对动植物卫生检疫措施约束力不够，要求不具体，为此，在乌拉圭回合谈判中，通过许多国家的提议制定了SPS协议，它对国际贸易中的动植物检疫提出了具体的严格的要求，它是WTO协议原则渗透到动植物检疫工作的产物。
SPS协议的主要内容包括：SPS协议的宗旨、适用范围、同等对待、有害生物风险评估(简称PRA)、非疫区和低度流行区、透明度特殊或差别待遇、组织管理形式、国际标准、指南或建议是建立检疫措施的基础、必要的检疫措施。
风险评估已成为植物检疫工作最锐利的武器之一，是制定检疫法规和检疫措施的一项基础性工作。零风险是不存在的，零风险意味着闭关自守，也不符合SPS协议的要求。这就要求我们按照IPPC的指南进行风险评估，并寻求降低风险的管理措施。我国1996年就成立了植检PRA工作组，已经对地中海实蝇、小麦矮腥黑穗病、松材线虫、苹果蠹蛾、马铃薯甲虫、梨火疫病等有害生物和木质包装、马铃薯、苹果、李子、葡萄、柑桔等植物产品进行了PRA。
PRA还可以作为一种隐蔽的技术壁垒加以应用，合理阻止或延缓国外产品大量进入国内市场，保护国内农业生产者的利益。如可以将保护水平定得高一些，风险分析涉及的有害生物多一些，所需要的科学依据就相应增加，有时还需要在评估过程中增加相关的基础性研究。这样，完成评估所需的时间就会长一些，客观上起到阻止某些产品进境的目的，并且不违背SPS协议规则。如：日本因为担心西红柿是烟草霜霉病的寄主，从20世纪80年代初就开始对美国的西红柿进入日本进行PRA，一直到1996年仍未结束，最后在美国要将此案提交WTO裁决时，日本才决定于1997年4月允许美国的西红柿入境，从开始评估到同意进口，前后用了15年时间。
换句话说，日本人利用PRA这一隐蔽的技术壁垒，在15年的时间里，成功阻止了美国的西红柿入境，保护了日本国内市场。从上例中可以看出，如何合理应用PRA很有学问，值得我们广大植检工作者去研究，在这一点上，我们应学习美国、日本和欧盟等发达国家的经验和做法，争取少走弯路，提高效率。
3.植物检疫对我国进出口贸易的促进作用
改革开放以来，我国的植物检疫工作不断发展，在进口把关、促进出口等方面做出了巨大贡献，取得了显著的经济效益。
(1)进口植检：2006年前10个月，全国出入境检验检疫机构共截获有害生物2471种10.4万次。2007年3月15日,上海外高桥出入境检验检疫局在对一批进境的土耳其棉短绒实施检疫查验时，发现皮蠹类有害生物幼虫。检验检疫人员当即将样品送实验室鉴定，确定为我国禁止进境的一类有害生物谷斑皮蠹幼虫。该批进口土耳其棉短绒共有1645吨，价值41万美元，分装71个40英尺集装箱。为防止疫情扩散，外高桥局立即通知港区锁定所有71个集装箱，并逐箱实施了严格的熏蒸处理。这些植检措施，既将有害生物挡在了国门之外，又为进口企业挽回了巨大的经济损失。
(2)出口植检：国家检验检疫局全力促进农产品扩大出口，相继与墨西哥、秘鲁、智利、泰国、阿根廷、美国、加拿大等10个国家的检验检疫部门签署了多项关于我国水果出口的植物检疫议定书或工作计划。湖南检验检疫局协助当地政府大力加强湘西椪柑出口基地建设，2007年2月9日，20吨湘西椪柑顺利出口加拿大，标志着湘西椪柑近十年来首次直接向发达国家出口。
(3)双边协商、互利互惠：近年来，一些国家对疫区概念有了新的理解和做法，SPS协议也承认非疫区和低度流行区的存在。在一个幅员辽阔的国家，由于气候条件、生态环境和检疫防治措施等不同，对一种特定的有害生物来说，可能存在疫区和非疫区。对疫区和非疫区的检疫政策应区别对待，我们要充分利用这一规则，打破国外壁垒，扩大出口。如日本过去把整个中国都列为瓜实蝇疫区(实际上仅南方部分地区发生)，后经双方检疫部门共同实地考察、调查、研究，确定中国的新疆地区为非疫区，因此，日本允许进口新疆的哈密瓜。
同时，我们也可以接受非疫区的产品，促进贸易发展。我国过去将美国和智利两国列为地中海实蝇疫区，禁止进口两国水果，近年来，经双方植检部门共同努力，确认两国的部分地区为地中海实蝇非疫区，允许有条件(指定果园、包装厂、监测、低温处理、不带检疫性有害生物、指定入境口岸等)进口美国华盛顿州的苹果，智利非疫区的苹果和猕猴桃。上述做法建立在一定的科学基础上，符合SPS协议的要求，不仅有效地防止了有害生物的传入和传出，又促进了贸易的发展，是今后植检工作的努力方向。