运费回收的风险性以及日益泛滥的海运欺诈都使运费保护成为必要，航运公司要积极寻求运费风险的防范措施，保护自己最重要的权利。

　　对于上述第一方面的风险，航运公司在订立海上货物运输合同时就应当订立对自己有利的条款。现在预付运费的预付时间有许多种表达方式，如“提单签发之时”、“货物装船之时”、“船舶开航之时”或在指明的一段时间内支付，指定的时间一到，运费就应支付给航运公司。值得注意的是，在以上几种表达方式中，“船舶开航之时”支付条款下航运公司承担的风险较大，“提单签发之时”、“船舶开航之时”承担的风险要比指定的在其后一段时间内支付的风险小。对于提单签发后、船舶开航后指定一段时间支付的情况，应尽量把收取运费的时间订在提单签发之时或船舶开航之时，因为很多港口航道水深、宽度有限，或者有危险物、障碍物，进港航道情况比较复杂，而且交汇船舶也多，易发生风险。

　　考虑到海上风险的不可避免性，航运公司可以通过保险，交付一定的保费，以保证收取运费的权利。

　　对于第二方面的风险，航运公司可采取以下防范措施：

　　第一，必须重视对托运人或租船人的资信调查。对于资信较好的托运人或租船人可以予以信任，对运费支付条件可以放松一点，以求和客户保持长期、稳定、良好的合作关系。而对于规模较小、偿付能力有限、资信不良的公司则应把好关。当运费被托欠时，航运公司应及时采取措施，赢得主动，以保全运费的回收。考虑到议付行审核单证需要一段时间，如中国银行审单时间为７天左右，在买卖合同信用证项下的货款还没有支出时，航运公司可以申请当地司法机关，对银行账户予以查封、冻结，从而请求法院判决要求债务人支付其拖欠的运费。

　　第二，在信用证交易情况下，航运公司可以要求托运人或租船人开具以原交易的信用证议付行为开证行、航运公司为受益人的信用证，或提供议付行出具的保证其支付运费的保函。由于托运人或租船人是前一信用证的受益人，可以凭前一信用证作担保，开具以议付行为开证行、航运公司为受益人的信用证，银行承担第一性的付款义务，把商业信用转为银行信用，或者提供议付行出具的保函。因为托运人或租船人有信用证作担保，他也不需要再交开证押金，要求议付行开信用证仅仅需要支付一些手续费而己。同样，对于要求议付行出保函也易取得议付行的同意。

　　这样，一旦出现运费拖欠的情况，航运公司可直接向保函出具单位施加压力，或通过他们向拖欠运费的债务人要求支付，或者直接向当地法院起诉。

　　第三，运费支付时间尽量约定在预付运费提单签发之时或之前，因为在此情况下，托运人或租船人交付足够运费之前，航运公司没有任何义务签发运费已付提单。当前国际贸易中一般都采用CIF或CFR价格条件，信用证一般也都要求是运费已付提单。托运人或租船人所持单证与信用证规定的单证不一致时议付行有权拒付，由此迫使其及时交付运费的结汇。

　　第四，航运公司可以将租船中的责任终止及留置条款明确地并入提单中。虽然多数国家都许可并入条款的效力，但为了保护善意的提单持有人，对并入条款都进行严格解释，限制所并入提单的租约条款。而且责任终止条款不能通过普通语言并入提单，要想并入必须通过明确文字，因为其不属于与提单持有人提货有关的条件。通过这种方法，航运公司在债务人不支付运费时可直接留置货物，按程序进行拍卖、变卖，从价款中优先受偿。