海口海关的前身是成立于1876年的琼州海关（简称“琼海关”）。早在宋代，海南岛的海上贸易已较发达，南宋乾道年间（1165-1173年）在海南设立琼州市舶分局，此为琼海关之雏形。康熙年间，清政府废除了市舶司制度，设立了江、浙、闽、粤四海关。粤海关下设总口七处，海口总口是其中之一。

　　第二次鸦片战争后，海口港作为对外通商口岸首先向英、俄、法、美以及欧州各国开放。清光绪年间，琼州海关在海口正式成立（简称“琼海关”，俗称“洋关”）高级职务由洋人担任。琼海关全面推行洋关制度后，唯总税务司之令而行，为帝国主义列强倾销商品，掠夺中国资源，大开方便之门。

　　新中国成立后，成立了中华人民共和国海口海关，在海关总署集中统一领导下，担负起把守国家经济南大门的重任，认真履行国家赋予海关监管、征税、查私三大任务。“文革”期间，海口海关的工作受到严重影响，1971年海南区革委会甚至批准撤销海口海关，1972年才得以恢复。

　　十一届三中全会以后，海关工作进入了一个崭新的时期。中央决定加快海南的开发建设，建立了海南经济特区，在政策给予很大的优惠，海南的经济展现出勃勃生机，海关业务量随着海南对外贸易和经济建设的发展而急剧增长。1984年，经国务院批准海口海关升格为厅局级海关。

　　海口海关将全面、准确地执行“依法行政、为国把关、服务经济、促进发展”的海关工作方针，方便合法进出，提供优质、高效的服务，按照“政治坚强、业务过硬、值得信赖”的要求扎实做好各项工作，为海南的对外贸易发展作出贡献。