深圳港在最新的中国港口综合竞争力指数排行榜上，被誉为“最具效益竞争力的港口”。与此同时，深圳市交通局物流处官员透露，目前，仍有四大因素制约著深圳保税物流的发展。
物流处处长高旭敏表示，四大原因制约著深圳保税区物流发展，包括现行海关监管采取分批报关的模式，影响了区内物流业的运作效率。保税货物“二次转关”问题，现行的监管系统中，经保税区转关的有关货物的电子信息，转运地海关接收不到，造成无法办理转关手续。在采购样品进出保税区的监管上，现行海关对样品进出保税区实行临时进口管理，半年必须办理一次离境手续，手续繁琐，耗时长，无法满足跨国采购中心运作的需要。
另外，保税区之间的物流监管及国内监管仓货物进保税区的混合拼装方面存在的问题也影响了物流效率。
“对这种同属于海关监管的区域之间或仓库之间的物流，应该建立一种更简便的海关监管手续。”高旭敏介绍，按照现行的海关监管模式，监管仓货物还不能直接进保税区拼装，必须出境后复进口到保税区方能进行，严重影响物流效率。
深圳市政府副市长、深圳市物流领导小组组长张思平介绍，至去年底，共有50家国际级船公司在深圳港开辟近远洋国际集装箱班轮航线168条，其中：美洲线63条（北美54条、南美9条），亚洲线47条，欧洲线49条，大洋洲线5条，非洲线4条。以深圳港为枢纽、覆盖世界12大航区主要港口的国际集装箱班轮航线结构进一步得到完善和优化。
