自2006年9月20日起，福州海关对隶属的福州保税区海关在其关区内实行“属地申报，口岸验放”通关模式，即在福州关区报关的进出口企业，可自主选择福州保税区海关为申报海关进行申报，货物验放由货物实际进出口口岸的海关实施。
作为特殊监管区，福州保税区实行“属地申报，口岸验放”通关模式，有利于降低企业贸易成本，加快通关速度；有利于优化通关环境；有利于保税区功能优势的发挥，在时间和空间上得以延伸，促进区内物流业发展。
