在中共十六届六中全会闭幕的第二天，国家海关总署就与福建省政府签署了“加快海峡西岸经济区建设合作备忘录”。海关总署对“海西”建设的支持力度，在有些方面甚至超出了福建省的期望。联系上周三福建出入境检验检疫局出台二十条举措支持“海西”建设之举来看，很显然，海峡西岸经济区战略的实施已进入实质性阶段，中央和国务院对“海西”建设的政策支持也提升到一个新的更加务实的层面。
通观海关总署专项制订的支持“海西”建设十类二十二条主要措施，以“放宽对台小额贸易限制”、“扩大口岸开放先行先试”、“推进区域通关改革试点”等内容最为具体、最具新意。
福建是大陆沿海最早也是最主要的开展对台小额贸易的省份，鉴于现有的二十八个对台小额贸易点已不能适应当前形势的发展，海关总署将放开福建对台小额贸易船只吨位、交易金额限制，放宽经营范围的限制。对符合政策规定以对台小额贸易方式进口的在大陆投资的台资企业生产设备零配件和原辅材料实行进口免税政策，并在通关监管方面实行更加便捷的措施。
放宽额度推动小额贸易海关总署还表示，将推动在福州马尾、莆田湄洲岛、宁德三沙设立对台小额贸易交易市场。在保持原已批准的六大类商品范围的前提下，提高厦门大嶝对台小额商品交易市场免税商品携带额度，旅客免税携带台湾商品价额由原来的一千元提高到三千元人民币；对台产卷烟从台湾进入交易市场实行特殊政策，相关贸易公司从台湾进口卷烟到交易市场无需交验《自动进口许可证》；放宽福建沿海与金马澎直接往来航线的游客携带的台湾高粱酒数量限制，由每人两瓶增至四瓶。同时，积极推动台湾“零关税”农产品进口，在严格执行原产地标准的同时，积极开辟“绿色通道”，实施便捷通关措施，为台湾零关税水果进口提供最优质服务，确保台湾水果“零滞港”和“零损耗”。
在对台出口方面，推动大宗商品如粮食、煤炭等的对台出口；对福州、厦门两海关管辖范围内信誉好的大型台资企业，适当降低适用便捷通关措施企业的审批标准；在台商比较集中的海关设立加急通关窗口，对信誉良好的台资企业提供全天候、无假日24小时预约通关服务；此外，尽管商务部和海关总署已发布公告全面禁止天然砂出口，但对台出口有望成为例外，海关总署拟会商商务部同意福建对台天然砂出口不受该公告限制，以满足台湾的需要。
在两岸人员往来方面，支持福州、厦门作为台湾客、货运包机的航点，在空港口岸设置专用台胞旅客通道；继续推进福建沿海地区与台湾金门、马祖及澎湖的直接往来，不断扩大两岸直接往来范围。
扩大口岸开放先行先试为进一步支持海峡西岸口岸开放，本著“先行先试，同等优先”的原则，海关总署将积极按程序办理福州港口岸罗源湾(含罗源、可门)港区、牛头湾作业区，泉州港口岸石井作业区对外开放的有关手续；积极推动泉州晋江机场和泉州港口岸围头湾港区对外开放；同意福建省将沙埕、三沙港区、漳湾作业区和石码港区等分别并入宁德港口岸和厦门港口岸。支持福建省对台口岸查验配套设施建设，推动在国家资金补助上给予倾斜。支持福建省沿海具备监管条件的海港口岸成为对台直接往来货运直航口岸。
同时，支持福建省口岸大通关建设，积极推动及完善福州保税区与江阴港区、厦门象屿保税区与厦门港的区港联动试点，实现区港联动的“无缝对接”。将厦门特区和福州港口岸江阴港区列为海关特殊监管区域“功能整合，政策叠加”的试点地区，推动福州、厦门保税区、保税物流园区、出口加工区等各类特殊监管区域具备保税加工、保税物流两大功能。积极推动在漳州、莆田设立出口加工区；近期选择福州、厦门翔安、泉州保税物流中心(B型)列入扩大试点范围内。在福州、厦门关区先行先试开展保税仓库检测、维修业务试点。扩大出口监管仓库入仓退税政策试点。积极推动设立东山对台农产品物流加工保税区域或保税监管场所，充分发挥福建独特的对台区位优势。
支持在厦门港不同港区间开展移泊业务，支持福州、厦门开辟更多的干线航线，推动福州、厦门港早日建成主枢纽港和国际航运枢纽港。全面启用出口运抵报告系统、“现场业务一体化处理”、F通道、预审价、无纸通关、预归类及涉税商品信任通关制度等通关便利措施，进一步简化通关环节。全力推进福建电子口岸平台建设，尽快实现大通关业务流程及相关信息的互联互通和资源共享，为全面支持“海西”建设服务。
通关改革拓展“海西”全域在海关总署与福建省签署的合作备忘录中，海关总署提出：将在海峡西岸开展区域通关改革试点，推动“属地申报、口岸验放”通关作业模式，并从“海运”推广到“空运”、“邮运”，使该通关模式覆盖福建省内海关各通关现场。努力扩大进出境口岸验放的试点范围，大力推广“铁海联运”物流通关模式，将“属地申报、口岸验放”通关模式拓展到江西、湖南、湖北、贵州、宁夏和粤东、浙西南等省(区)；实现福建省与陆路转关量最大的深圳口岸之间转关运输货物的“一次申报、一次查验、一次放行”的通关作业模式；福建企业在广东境内通关享受广东企业同等待遇，推动福建的通关工作进入全国先进行列。
有关专家指出：海关总署推动的海峡西岸区域通关改革试点中，将“属地申报、口岸验放”的通关模式适用范围拓展到粤东、浙西南以及内地的江西、湖南、湖北、贵州、宁夏等省(区)，而从这一点即可以看出，在国家的区域经济发展战略的版图上，完整的“海峡西岸经济区”区域概念已经确立。
